菌種名稱枯草芽孢桿菌納豆芽孢桿菌亞種(革蘭氏陽性菌，需氧，產芽孢，易形成鏈。)
壹般認為，大豆作為納豆的原料，是在約2300年前的彌生早期從中國引進的。由於東北各地水稻種植比大豆種植起步稍早，稭稈在納豆生產中發揮了相當大的作用。過去，納豆是用稻草捆制成的。因為稭稈中有大量的納豆菌，如果能保持容易滋生的溫度和濕度，納豆菌就會移動到煮熟的黃豆上，獨特的粘性和口感就誕生了。
這種方法除了納豆芽孢桿菌，還含有其他雜菌，不僅不衛生，而且質量差。1921年，澤博士培養分離出純納豆芽孢桿菌，使納豆芽孢桿菌商品化。1995中，池村將產生納豆粘液的細菌作為獨立的納豆菌。納豆芽孢桿菌和枯草芽孢桿菌不同，主要看生產過程中是否需要生物素。納豆芽孢桿菌對生物素有特定的需求，而枯草芽孢桿菌沒有。