鮮黃花菜中毒時，相對較輕。可以立即排毒，大量喝溫水，用手指按壓舌頭反復催吐，或者喝壹些葡萄糖溶液、綠豆湯，可以稀釋毒素，加速排泄。對於食用新鮮黃花菜較多，中毒癥狀嚴重者，需立即送醫院治療。同時，最好吃幹黃花菜制品，因為它在制作過程中已經消除了有毒成分。
新鮮的黃花菜含有壹種叫秋水仙堿的毒素，也叫秋水仙堿。秋水仙堿對人體的致死量為8至65毫克，人食用鮮黃花菜100克即可中毒，這種物質本身沒有毒性，但進入人體被氧化後，會迅速生成秋水仙堿，對人體的胃腸道和呼吸系統有強烈的刺激作用，可引起腹痛、腹瀉、嘔吐等中毒癥狀。傳統的吃法是將黃花菜熏制後再食用，而這種毒素在長期高溫的熏制過程中是可以分解的，所以熏制的黃花菜是沒有毒的。