1517年,他離開葡萄牙,來到西班牙的塞維利亞,在那裏他再次請求環球航行。塞維利亞的要塞司令非常欣賞他的才華和勇氣,答應了他的請求,娶了他的女兒。
1518年3月,西班牙國王卡洛斯壹世接見麥哲倫。麥哲倫再次提出航海請求,並贈送國王壹個自制的精美彩色地球儀。國王很快答應了他。不久,在國王的指示下,麥哲倫組織了壹支船隊準備出航。
然而,葡萄牙國王很快就知道了這壹點,他害怕麥哲倫的航行會幫助西班牙超越葡萄牙。於是,他不僅派人在塞維利亞不斷制造謠言,還派了壹些間諜潛入麥哲倫的船隊,準備伺機消滅和暗殺麥哲倫。