醫院始建於1954年，前身為“北京市大興縣人民醫院”1，2001年大興“撤縣改區”醫院遂更名為“北京市大興區人民醫院”。2006年成為北京市醫保A類醫院；同年，區人民政府與首都醫科大學簽署合作協議加強醫院建設，醫院成為首都醫科大學燕京醫學院附屬大興醫院，2011年8月更名為首都醫科大學大興教學醫院。醫院先後被認定為北京市內科、外科、全科住院醫師規範化培訓基地。同時，積極與三甲醫院合作，先後成立北京大學泌尿外科研究所大興會診中心、北京天壇醫院大興神經外科協作醫院、北京同仁醫院大興眼耳鼻喉會診中心、北京兒童醫院大興會診中心、北京積水潭醫院大興會診中心、北京腦血管病中心大興分中心、首都醫科大學心血管疾病研究所大興診治協作中心、北京腫瘤醫院大興會診中心、大興區心臟疾病診療中心等診療中心。