1、牡蠣是壹個廣義的術語，包括多個品種，如歐洲平牡蠣、太平洋牡蠣等。生蠔是牡蠣的壹個種類或亞種，是指適合食用且個頭較大、肉質肥美的牡蠣種類，例如長牡蠣，在中國也被稱為太平洋生蠔。
2、大小與外觀差異：牡蠣的大小、形狀和外殼紋理各異，有的較小，殼面可能褶皺明顯，顏色深淺不壹。牡蠣的大小、形狀和外殼紋理各異，有的較小，殼面可能褶皺明顯，顏色深淺不壹。生蠔相對較大，壹般下殼更凹陷且粗糙，上殼則較為平坦，外殼黑白相間，內部肉質飽滿，顏色多為白色。
3、生活環境差異：不同種類的牡蠣對生長環境有不同的要求，有的喜歡附著在礁石或其他硬物表面，有的則生活在江河入海口或沿海區域。生蠔常指那些生活在半鹹淡水交匯處，也就是海水鹽度適中的環境下的大型牡蠣。