衣原體感染可以用大環內酯類抗生素治療。常用的大環內酯類抗生素有阿奇黴素片和羅紅黴素膠囊。或鹽酸多西環素片或克拉黴素分散片，衣原體是介於細菌和病毒之間的病原體。衣原體感染的治療主要是大環內酯類抗生素，對這些抗生素不敏感的人可以服用慶大黴素片。對於急性衣原體感染，如果口服不能治愈，可以通過靜脈註射治療更徹底。
註意，衣原體輸卵管炎多由宮頸炎引起。腹腔鏡直接從輸卵管取標本，30%以上可檢出衣原體，多數為輕度，下腹部輕微疼痛，壹般體溫較低，但血沈略快。由於這種非典型癥狀，患者延誤就醫，往往造成子宮附件損傷，形成輸卵管炎後遺癥，最主要的表現就是輸卵管性不孕。