故事開始於3000年前，壹個偉大的戰士和他的四個手下想要征服世界，在九星合二為壹的時候打開了另壹個世界的大門。結果出了問題。他的四個手下被變成了石像，13怪物被釋放。他自己獲得了永生...
回到現代，忍者神龜無事可做。老大萊昂納多被斯普林特先生送到叢林裏修煉。米開朗基羅找到了壹份假裝成忍者神龜來取悅孩子們的工作。多那太羅去做電話客服了，而最負責任的拉斐爾繼續背著大家勇敢的做著守夜人...
這時，九星五子棋漸漸靠近了...亡靈士兵終於找到了他的手下——四尊雕像，並讓他們再次行動，同時派他們和忍者去抓13怪物..."