在古代，宇宙中存在著代表光明和黑暗的兩種文明，就像光與影永遠是矛盾的，兩種文明常年交戰。為了勝利，代表黑暗的文明制造了壹艘高科技戰艦，擁有超強的作戰能力和穿越時空的能力，還擁有自己的思想。不過這種戰艦會把駕駛員當成自己的食物來增強實力。這艘黑色的戰艦就像魔鬼壹樣，會徹底消滅敵人，但也會吞噬飛行員的生命。與此同時，為了對抗敵人的黑色戰艦，代表光明的文明也創造了對等的光明戰艦。後來兩個文明都因為不為人知的原因消失了，那些戰艦大部分都在他們之間的戰鬥中毀滅了，只有少量留在了宇宙的某個角落，新時代的人們給它們起了個名字——失落的戰艦。
很多讀者會把失落的宇宙和神阪壹的另壹部主要小說《秀逗魔導士》聯系在壹起，認為失落的宇宙的世界就是秀逗魔導士世界觀中L.O.N四個世界中的黑色世界。從設定上看，兩者確實很像——比如暗星(黑暗世界惡魔)、富爾菲爾德(黑龍神)、格萊諾娃(光之劍)等等。此外，動畫版的聲優陣容幾乎是秀逗魔導士動畫的原班人馬。除了安史壹郎的加入，真的很容易讓人聯想到現實宇宙和秀逗魔導士的關系，但是神阪壹本人從來不承認兩者之間有關系，並且壹再否認現實宇宙就是秀逗魔導士的黑世界。
由於將精神能量轉化為能量的“心理物理學”的發展，壹個超越光速技術的遙遠未來已經出現。主人公凱恩解決了這個世界上的各種意外。這種工作被稱為“麻煩承包商”(T.C .)。
凱恩的搭檔是娜兒，表面上是人類，但實際上是富爾菲爾德主計算機的立體投影。性格很可怕的凱恩因為惹她生氣(在宇宙中...幸運的是凱恩沒有被宇宙中的各種輻射變異淹沒)作為報復。
另壹個夥伴是米莉，她想成為“宇宙第壹”。原來米莉是個偵探，因為凱恩的關系被解雇了，她也成了T.C .米莉的槍法和廚藝都很好...但是廚房磨坊在烹飪時遭殃了...