遊戲的劇情模式有五個章節，每個章節講述壹個獨立但又相互聯系的故事。這些故事主要通過寶麗來與人物的對話來講述，並作為遊戲教程，引導玩家逐漸了解《監獄建築師》的遊戲模式。
玩家可以通過主菜單查看劇情模式和過場動畫，也可以直接跳過劇情模式新建監獄。
章節名稱，故事梗概
被判有罪的罪犯/囚犯
我們已經簽署了在這座監獄建造行刑室的合同，必須在其中壹名死刑犯的行刑時間之前完工。
巴勒莫
壹場大火燒毀了這座監獄的廚房和餐廳。如果我們不盡快找到為囚犯提供食物的方法，我們將不得不面對最嚴重的騷亂。
解決糧食危機，然後重建廚房和餐廳。
G.美國銀行
Alchemico州立監獄發生暴亂。去事發現場，恢復監獄的安全。
全部展開
(以上信息參考自流浪星空[3])
角色設置
員工
員工就是監獄的員工，比如獄警，工人。玩家需要員工來保證監獄的完美運轉，其中壹部分需要通過“管理”菜單解鎖才能被雇傭。
玩家可以通過屏幕下方的“員工”菜單雇傭員工，通過右下角“報告”中的“員工”菜單解雇員工。
員工分為三類:工作人員、管理層和外來人員。
工作人員在整個監獄執行自動化任務，以確保監獄的正常運行。玩家可以手動控制，也可以讓他們自己工作。
管理層也叫高級職員。他們不能直接控制整個監獄，也不會自動執行任務。它主要在“管理”系統窗口中分配，用於解鎖新項目、員工類型、設施和增益功能。管理層需要壹個獨立的辦公室。除了會計、心理學家、律師、工頭、精神病醫生，其他管理只能招壹個。
外人不能被錄用，也拿不到任何工資。他們在需要的時候出現，如果工作完成了就離開監獄。