明清時期出現了大批的農書，據不完全統計，約150多種。規模最大的是《農政全書》和《授時通考》。《授時通考》是官修農書，以匯集資料為主，沒有什麽新創造。而大量的地方性農書卻在農學上很有價值。如清楊岫的《知本提綱》，是以陜西、山西的耕稼、桑蠶、樹藝、畜牧為重點，內容切實可行，很有實用價值。
明代袁黃的《寶坻勸農書》，是作者任河北省寶坻知縣時所撰。全書包括天時、地利、田制、播種、耕治、灌溉、糞壤、占候等八篇。“田制”中寫到井田、區田、圍田、塗田、沙田。皆有附圖；“灌溉”中有大水柵、水閘、陂塘、水塘、翻車、水轉翻車、牛曳水車、筒車、木筒、架槽、戽鬥、高車十二幅圖，都提供了寶貴的技術資料；“糞壤”中寫了踏糞法、窖糞法、蒸糞法、釀糞法、煨糞法、煮糞法，都根據北方制糞的特點，給以總結，因地制宜，頗為實用。
清代祁寓藻的《馬首農言》中，分地勢氣候、種植、農器、農鏟、占驗、方言、五谷病、糧價物價、水利、畜牧、備荒、祠祀、織事、雜說十篇，敘述了山西省壽陽（古稱馬首）縣的農業生產技術，引用了大量當時人的言論與經驗，是頗有地方特色的農業技術書籍。
明清時期商品經濟有所發展，農產品日趨商品化，經營地主日漸增多，有些經營地主把自己經營管理的實踐總結成書，也是農學中的壹項成就。這類著作首推《沈氏農書》。
《沈氏農書》，由湖州人“漣州沈氏”所撰，清初張履祥校定，收入《楊園先生全集》中。全書分五部分：“逐月事宜”，是壹篇農家月令提綱，分天晴、陰雨、雜作、置備四目；“運田地法”，講水田耕作技術；“蠶務”講養蠶種桑和六畜飼養；“家常日用”，是經營地主的日常家訓”；“區田法”，講北方抗旱保墑的種植方法。《農言著實》和《山居瑣言》也是此類著作。
明清時期的救荒類專書也是農學的新成就之壹。如朱柿的《救荒本草》，記載了河南省境內的救生植物414種，見於前代的138種，其余為作者采自各地的植物園圃，親自觀察性狀、生長情況，記載了產地、名稱、形狀特征、性味、烹調方法等。特別是對植物的根、莖、花、葉、果實皆有逼真的插圖。被譽為中國15世紀具有科學性的植物著作。
明代王磐的《野菜譜》、周履靖的《茹草編》和清代顧景星的《野菜贊》都屬於此類著作。
明清時期的治蝗專書的大量出現，也是農學的特點之壹。如顧彥的《治蝗全書》、芷齡的《除蝻八要》、李惺甫的《捕除蝗蝻要法三種》等。《除蝻八要》分挖荒地、開壕溝、償麥收、置抄袋、勤腳踏、恤夫役、責常偵、加修省八種除蝗辦法。這些專書是明清時期人們向蝗蟲作鬥爭的經驗總結。