2、調節光線，光合細菌大多使用接近700~900納米紅外線的光線，壹般使用25~60瓦的普通燈泡即可滿足。光照強度不同，對細菌的要求也不同。壹般通過控制燈泡與細菌液面的距離來調節，壹般控制在15~25 cm。當然陽光最好，而且沒有成本。調節溫度壹般來說，目前菌種培養溫度的最適範圍為25~34*C(適應範圍為15~40*C)。溫度低於15%C時，生長緩慢，菌液顏色變暗，沈澱增多。
3、pH值的測定，因為在培養過程中，細菌要利用培養液中的有機酸，導致pH值升高..所以每天至少要測1~2次pH，最初每天1次，以後幾天可以增加1次。
4.敵人害蟲的控制。預防是控制敵害的主要方法。主要預防措施是:選用潔凈水，嚴格消毒。選擇優質菌株。衰老的光合細菌活性較差，菌液中有害代謝物較多。
5、菌種應選擇濃度高、活性強、雜菌少、亮紫色的菌液。接種量占優勢，保持數量優勢。在大規模生產過程中，由於水源、容器、空氣中的雜菌不可避免，應增加接種量，使光合細菌占絕對優勢，從而培養出高質量的菌液。
6.光合細菌含量高，還能釋放抑菌酶，抑制壹些雜菌的生長。實踐證明，生產性培養的正常接種量應不低於1: 5，即1個菌種(30億級)、5個培養液；當接種條件不好時，接種量應不低於1: 1。選擇合適的培養基也是保持數量優勢的重要措施。