益生菌可以治療便秘。益生菌包括雙歧桿菌、乳酸桿菌、革蘭氏陽性球菌等。當患者腸道菌群失調時，益生菌減少，致病菌增多，患者會出現便秘、腹瀉、消化不良、腹痛等癥狀。口服益生菌治療後，口服益生菌在腸道內分解為乳酸、醋酸等酸性物質，患者腸道內pH值降低，刺激腸黏膜分泌粘液，改善腸道微環境。患者腸腔內容積增大，刺激腸道蠕動，加速腸道排空，改善便秘。所以便秘患者可以用益生菌治療。
益生菌還有緩解過敏的作用:過敏是壹種免疫性疾病，是人體免疫功能的失衡。當外來物質或生物刺激免疫系統產生過多的免疫球蛋白(IgE)時，過敏體質的人會釋放壹種叫做組胺的物質，從而引起過敏癥狀。益生菌療法是國內外輔助治療過敏的有效方法之壹。益生菌可用於調節體內免疫球蛋白(IgE)抗體，從而實現免疫治療緩解過敏。