海南出版社有限公司下設總經理辦公室、運營管理中心、財務管理中心、總編室、文化產業發展中心、編校設計中心、黨群審計監察部七個職能部門;有15個經營單位:本土文化分社、海外文化分社、學前教育分社、基礎教育分社、重點項目分社、營銷中心、北京分社、山東分社、湖南分社、雲南分社、海南電子音像出版社、教師雜誌社、黑龍江分社、湖北分社、在線教育中心。其業務涉及圖書出版、數字出版、電子音像和文化。