自養微生物可分為光自養型和化能自養型。光自養微生物,如藍細菌,利用光合作用獲得能量。趨化性自養微生物通過化學物質的化學反應獲得釋放的能量,如硫細菌(吸收H2S並將其氧化釋放能量)、鐵細菌(將二價鐵氧化成三價鐵釋放能量)、硝化細菌等。趨化性自養微生物通常是厭氧菌。
註意
異養微生物是指必須以有機物為碳源,以無機物或有機物為氮源。有些甚至需要不同的生長因子通過氧化獲得能量,生長微生物。
異養微生物也可分為兩種:能源異養(如紅酵母屬的某些細菌)和化學異養。大多數微生物是趨化異養的。