清朝乾隆年間,雞籠山、北極閣曾被列為金陵四十八景之壹,名為“雞籠雲樹”。鹹豐三年(1853),北極閣等建築被太平軍燒毀,葉童十年(1871)重建。1911年,辛亥革命爆發,張勛設立北極閣。遭到江浙聯軍炮擊,損毀嚴重。到1927年,竺可楨任中央研究院氣象所所長時,北半亭已瀕臨崩潰。1931年後,氣象研究所在氣象臺北側修建了二層圖書館,地下平臺設置了地震觀測室。基石是時任中央研究院院長蔡元培的題詞。
到了近代,前秦在山上設立的天文臺的天文觀測和研究職能轉移到了紫金山天文臺。在北極閣的東麓,有建於梁瀟的雞鳴寺。在山的南邊,東南大學現在位於明代西北國子監的壹部分舊址。