益生元可以促進腸道有益菌在體內的生長繁殖，形成微生態競爭優勢，優化腸道微生態平衡，進而提高免疫力來維持機體的健康。同時能改善腸道微生態。
益生菌的自身結構，如肽聚糖、脂磷壁酸等，可作為抗原直接發揮免疫激活作用，或通過自分泌免疫激活劑刺激宿主免疫系統，從而提高動物的免疫力，增強先天免疫細胞和自然殺傷細胞的活性，激活樹突狀細胞，刺激機體產生細胞因子，刺激B細胞分泌抗體。益生菌可以刺激腸道產生分泌球蛋白A(SIgA)，保護身體健康。
擴展數據
根據定義，益生元應該能夠刺激有限數量的細菌生長，從而改變大腸中微生物群落的平衡。人體細菌的分批靜態培養表明，低聚果糖(FOS)、低聚半乳糖(GOS)、低聚木糖(XOS)、低聚異麥芽糖(IMO)和乳果糖可以改變菌群，增加雙歧桿菌和/或乳酸菌，減少梭菌和類桿菌。
歐洲能完全供應的三種低聚糖是有效的，分別是低聚果糖(包括菊粉)、反式GOS和乳果糖。低聚果糖和乳果糖的益生元作用在人體實驗中得到了分子水平的證明。在餅幹和其他食物中加入低聚果糖，按每天8g計算，也顯示出很大的功效。
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