主要來源於配料的谷氨酸被認為是納豆美味的來源。
在20世紀後期獲得高質量的吸管並不容易，大多數都是裝在聚苯乙烯泡沫塑料或紙質容器中出售的。所以現代的生產方法是將蒸熟的大豆與人工培養的納豆菌混合，然後直接放入容器中發酵。大豆以外的壹些食物也可以做成納豆。
在制作清酒時，如果生米不慎被納豆菌汙染，釀造所需的酵母就會因其繁殖速度快而受到抑制。清酒釀造處不允許使用納豆，其他發酵食品也可能有類似情況，所以在工藝上要多加註意。
納豆菌是弱酸性的，會阻礙乳酸菌產生乳酸。淡味納豆已經在技術上開發出來了。
但由於使用了活性較低的納豆菌種，容易造成其他細菌的繁殖空間。另外，納豆菌的天敵是會寄生細菌的噬菌體病毒，噬菌體開始作用後會降低納豆菌的活性，並可能導致其他細菌開始繁殖，所以要避免食用超過保質期的納豆。
納豆菌是弱酸性的，會阻礙乳酸菌產生乳酸。技術上已經開發出了淡臭味的納豆，但由於使用了活性較低的納豆菌種，容易造成其他細菌的繁殖空間。另外，納豆菌的天敵是會寄生細菌的噬菌體病毒，噬菌體開始作用後會降低納豆菌的活性，並可能導致其他細菌開始繁殖，所以要避免食用超過保質期的納豆。