利用雙孢蘑菇廢料和平菇廢料作有機肥。
菌糠富含有機質和多種礦物質元素。經河南省農業科學院土壤肥料研究所檢測分析，全氮:1.95%，全磷:1.37%，全鉀:1.75%，有機質:62.3%。菌糠含有鈣、磷、鈉、銅等多種微量元素。利用菌糠作為有機肥，可以減少化肥和農藥的施用量及其在農產品中的殘留，同時提高農產品的產量和品質，為有機食品生產提供了保障。食用菌菌糠有機肥施入土壤後，可形成通氣性好、蓄水能力強的腐殖質，對改良土壤、提高土壤肥力具有重要意義。此外，食用菌菌絲體生長過程中還會分泌壹些激動素物質和酶，這些酶能將復雜的有機物分解成植物容易吸收的營養物質。在日本，食用菌菌糠稀釋後的菌絲體提取物被用來制作植物激素，可以噴灑在黃瓜、番茄、茄子、扁豆、大豆等作物上，促進作物生長，提高產量。如用於大豆作物時，可使大豆莖葉健壯，增強抗病能力，提高2.6倍。在廢棄菌糠中添加有益生物菌或施用合適的菌劑，在多種蔬菜作物試驗中發現，施用微生物菌糠效果最好，能提供植物營養活性，降低農業生產成本，顯著提高作物產量。此外，食用菌菌糠制成的有機營養土也廣泛應用於花卉。用菌糠肥在營養土中種植山茶花、蘭花等花卉，既增強了花卉的抗病能力，又提升了花卉的品質，能滿足花卉生長發育的需要，是替代腐殖土的寶貴資源。