分布著大量的沼澤化草甸、高原湖泊，是國家I級保護動物碧塔海特有魚類中甸葉須魚，以及黑頸鶴、中甸重唇魚為保護對象的自然保護區。碧塔海作為青藏高原的重要匯水區，承接著冰雪融水和降雨後的徑流，在有效防止和控制洪水方面發揮著重要作用；碧塔海蓄積的湖水對其下巖漿巖含水層的補給有著重要意義；碧塔海出水口與地下河流相連，形成了地下水文、泉水系統的組成部分，並支持地面濕地；碧塔海濕地對區域性氣候調節和穩定具有重要的水文影響，表現為具有碳沈積的泥炭系統；碧塔海是壹保存較完整的封閉的高原淡水湖泊，其濕地生態系統和湖周森林生態系統基本保持了原始狀態，人為幹擾較小，對維持高水質標準起主要作用。因碧塔海位於越冬候鳥遷徙線路上，是許多珍稀瀕危越冬候鳥重要的停歇地和越冬地；最重要的是碧塔海為高原特有鶴類黑頸鶴的重要越冬棲息地。碧塔海濕地生態系統與湖周森林生態系統提供的特殊環境孕育了象雲冷杉林（油麥吊雲杉－國家II級保護）與松茸（國家II級保護）這樣的稀有群落；碧塔海濕地的特征是魚類區系具有很高的特有性；同時碧塔海支持著中甸葉須魚種群的基本生態過程。碧塔海保存了完整的封閉型高原淡水湖泊，作為長江河流源地之壹，承接著冰雪融水和降雨後的徑流，且湖水補給穩定，在有效防止和控制洪水以及對長江中下遊的水量均衡方面發揮著重要作用；蓄積的湖水除對其下含水層進行補給組成了地下水文系統外，透明度高和較好的湖水水質，形成了觀賞價值極佳的高原湖泊景觀。