傳統的做法是先將納豆與醬油或日本芥末(壹般百貨商店出售的盒裝納豆使用日本淡醬油和黃芥末)混合，攪拌至出現絲狀物，盛在白米上，為納豆飯。
也有人將納豆與生雞蛋、洋蔥、蓮子、蘿蔔、柴火等食材混合。北海道和東北有時會把納豆和糖混在壹起。用蛋黃醬吃也有創意。如果不攪拌就加醬，水太多，粘度會降低。洋蔥和芥末可以抑制“納豆氨”的刺鼻氣味。不習慣吃納豆的以為是爛煮黃豆。
納豆的功效和作用
納豆粘稠，有臭味，微甜。既保留了大豆的營養價值，又富含維生素K2，提高了蛋白質的消化吸收率。更重要的是，發酵過程產生多種生理活性物質，具有溶解體內纖維蛋白、調節生理功能的作用。
納豆含有大豆的全部營養成分和發酵後添加的特殊營養成分，包括皂甙、異黃酮、不飽和脂肪酸、卵磷脂、葉酸、食用纖維、鈣、鐵、鉀、維生素、多種氨基酸和礦物質，適合長期食用和養生。
大豆和黑豆營養成分不同，所以納豆菌的利用也不同。用大豆生產納豆，豆粒金黃、完整、松軟，粘液多，氨基酸含量高，苦味重，氣味濃，與氨基酸含量高有關，活菌數遠多於黑豆。黑豆生產的納豆呈黑色，有金屬光澤，豆完整堅硬，粘液少，氨基酸含量低，活菌少。
當大豆與黑豆的比例為8 ∶2時，共發酵生產的納豆的氨基酸含量和細菌數介於全大豆和全黑豆原料之間。從混合的豆豉顆粒來看，顯然很容易區分。黃豆粒呈金黃色，有金屬感，表面有大量粘液，粒完整軟，而黑豆有光澤，表面粘液少，粒完整硬。大豆容易被納豆菌利用，生產的納豆比黑豆好。
百度百科-納豆(保健食品)