按制曲原料來分主要有小麥和稻米。故分別稱為麥曲和米曲。用稻米制的曲，種類也很多，如用米粉制成的小曲，用蒸熟的米飯制成的紅曲或烏衣紅曲，米曲（米曲黴）。
按原料是否熟化處理可分為生麥曲和熟麥曲。
按曲中的添加物來分，又有很多種類，如加入中草藥的稱為藥曲， 加入豆類原料的稱為豆曲（碗豆，綠豆等）。
按曲的形體可分為大曲（草包曲，磚曲，掛曲）和小曲（餅曲），散曲。
按酒曲中微生物的來源， 分為傳統酒曲（微生物的天然接種）和純種酒曲（如米曲黴接種的米曲，根黴菌接種的根黴曲，黑曲黴接種的酒曲）。
現代大致將酒曲分為五大類，分別用於不同的酒。它們是：
麥曲，主要用於黃酒的釀造；
小曲，主要用於黃酒和小曲白酒的釀造；
紅曲，主要用於紅曲酒的釀造（紅曲酒是黃酒的壹個品種）；
大曲，用於蒸餾酒的釀造。
麩曲，這是現代才發展起來的，用純種黴菌接種以麩皮為原料的培養物。可用於代替部分大曲或小曲。迄今麩曲法白酒是中國白酒生產的主要操作法之壹。其白酒產量占總產量的70%以上。
中國酒曲的分類
類 別 品 種
大 曲 傳統大曲；強化大曲（半純種）；純種大曲。
小 曲 按接種法分傳統小曲和純種小曲
按用途分為黃酒小曲，白酒小曲，甜酒藥；
按原料，分為麩皮小曲，米粉曲，液體曲。
紅 曲 主要分為烏衣紅曲和紅曲，紅曲又分為傳統紅曲和純種紅曲
麥 曲 傳統麥曲（草包曲，磚曲，掛曲，爆曲）
純種麥曲（通風曲，地面曲，盒子曲）
麩 曲 地面曲，盒子曲，簾子曲，通風曲，液體曲。