但是艾灸的這些禁忌還是要註意的。因為艾灸是火熏的，不小心艾灸可能會造成局部皮膚灼傷。另壹方面，在艾灸的過程中，有些部位或人是不能艾灸的。這些都是艾灸的禁忌。古代有很多關於艾灸的禁忌。雖然有些禁忌是可以打破的，但有些情況是應該禁忌的。1.所有裸露的部位，如面部，都不宜直接艾灸，以免形成疤痕，影響美觀。2.皮膚薄、少筋少肌的部位，孕婦的腰骶部、下腹部，男女的乳頭、陰部、睪丸等部位不要施灸。另外，不要直接艾灸關節。另外，不要艾灸大血管和心臟。眼球屬於面部，不要艾灸。3.極度疲勞、饑餓、飽腹、醉酒、多汗、情緒不穩，或女性經期忌灸。4.有些感染性疾病，高燒、昏迷、抽搐，或者極度的體力衰竭、骨瘦如柴等等都要避免。5.精神病人等沒有自控能力的人，應避免艾灸。
現在研究證實，艾灸之所以療效神奇，是因為熱量和艾絨共同作用，可以產生具有治療作用的化學物質，具有抗氧化和清除自由基的作用。通過熱的作用，不僅艾條中的有效藥物成分沒有被破壞，反而被增強，附著在穴位上，通過艾灸熱滲透到體內發揮作用。艾灸時產生的紅外線可以為機體細胞的代謝活動和免疫功能提供必要的能量，也可以為病理細胞提供活化能。
艾真在這裏普及壹下什麽是自由基。在我們這個由原子組成的世界裏，有壹個特殊的規律，那就是只要有兩個以上的原子結合在壹起，它的外圍電子就壹定是成對的。如果沒有配對，它們會尋找另壹個電子，把自己變成穩定的物質。科學家稱這種帶有不成對電子的原子或分子為自由基。自由基非常活躍，躁動不安。就像我們人類社會中孤獨的單身漢，如果總是找不到理想的伴侶，就可能成為社會不穩定的因素。總的來說，生命離不開自由基活動。我們的身體每時每刻都在由內向外運動，每時每刻都在燃燒能量，而負責傳遞能量的搬運工就是自由基。當這些幫助能量轉換的自由基被封閉在細胞內，不能到處亂跑時，對生命是無害的。但如果自由基的活動失控，超過壹定量，正常的生活秩序就會被破壞，疾病就可能隨之而來。