1991年，馬佳以優異的成績走出大學校門，懷揣著遠大的誌向來到上海航天技術研究院。當時，中國載人航天工程正處於論證的關鍵階段。剛剛走馬上任的馬佳，以強烈的責任感，以極大的熱情投入到飛船總體方案的論證中，為祖國的航天事業服務。他在消化大量國外資料的基礎上，系統地向上海聯合論證組介紹了蘇聯聯盟號飛船的方案，先後參與了逃逸救生、軌道艙利用等技術方案論證和上海載人飛船總體方案報告的編寫。在此期間，馬甲的開拓性工作和對問題的獨特見解為後續工作的順利開展奠定了堅實的基礎。
1991年11月，馬甲被抽調去設計火箭的總體性能。馬佳壹到崗，就投入到新的工作中。他虛心求教，潛心學習，不斷提高自己各方面的能力。第壹次進入發射場，馬甲隨身帶著筆和紙。遇到什麽不懂的問題，他總是向老同誌請教，認真做筆記，畫示意圖。他勤奮好學的風格給每個人都留下了深刻的印象。孫院士曾率隊赴法國考察。專業研討會結束後，其他同誌興致勃勃地出去觀光購物。只有馬佳甘於寂寞，靜靜地待在酒店房間裏，整理會議資料，消化自己學到的新知識。他對知識的渴求和對工作的認真堅持，為他以後的發展打下了堅實的基礎。
65438年6月至0994年7月，馬甲擔任該所第壹研究室主任，同時擔任長征四號乙、長征二號丁運載火箭總體總設計師。在人員新舊交替、技術人員十分緊張的情況下，壹室要同時進行“長征二號丁”、“長征四號乙”、“長征三號”三種型號、五種技術狀態的設計工作，還要承擔相關發射任務和“863”高科技預研，不言而喻。馬佳面對挑戰，勇挑重擔，全身心投入工作。他合理調配科研人員，充分調動新老同誌的積極性，帶領全室同誌按計劃完成各課題總體設計工作，保證了各型號研制進度，展現了紮實的專業基礎和顧全大局、求真務實的工作作風。在此期間，馬佳還主持了大量的技術協調工作，包括與發射場、衛星等大系統的多次技術接口協調；組織力量配合專業研究室完成了旋轉分離整流罩和星罩垂直運輸飛行器的研制和試驗。
90年代末，在那個“賣茶葉蛋不如做導彈”的年代，航天科研隊伍很不穩定，很多曾經和馬甲並肩作戰的同事都離開了航天。當時，馬佳已經是研究所副所長了。以他的能力，在外面找壹份令人羨慕的工作並不難。但馬甲沒有被外界的物質利益所誘惑，沒有動搖自己投身太空的決心。他仍然以高度的責任感和使命感鞭策自己，以十倍百倍的熱情投入到工作中，不斷攀登航天技術的新高度。在他人格魅力的影響下，研究所壹批科研人員緊密團結，為* * * *事業做出了無私的貢獻。特別是1999年5月10日，在北約轟炸我國駐南斯拉夫大使館兩天後，長征四號乙火箭首次發射風雲壹號C星取得圓滿成功，大大增加了中國人民的雄心壯誌。作為長征四號乙火箭副總設計師，馬甲為此做出了重要貢獻。2000年，馬甲擔任長征二號運載火箭總設計師，成為當時中國最年輕的火箭總設計師，後擔任該型號總指揮。馬佳雖然外表靦腆內向，但內心剛毅沈穩，具有壹個航天工程指揮員必備的臨危不懼、敢於承受巨大壓力的優良品質。火箭從推進劑加註到發射前的十幾個小時，總是處於極大的危險之中。在這種關鍵時刻，馬佳時刻盯著現場，與參與加註的試驗隊員壹起關註推進劑的最新情況。
有壹次火箭發射前夕，有人在操作時不小心踩到了推進劑管道，導致推進劑輕微泄漏，頓時空氣中開始彌漫推進劑的味道。在這危急時刻，馬甲不顧毒氣，迅速登上塔臺，指揮現場人員采取補救措施，事態很快得到有效控制。但火箭能否繼續發射，在場的每個人心裏都沒有底。危急時刻，馬佳憑借豐富的實戰經驗和大膽的勇氣，再次做出在最短時間內繼續發射的決定，並在塔上徹夜堅守。第二天，當火箭終於將衛星準確送入軌道時，他和試驗隊員們跳了起來，歡呼雀躍，流下了激動的淚水。
還有壹次在發射場，火箭控制系統第壹次通電，平臺塌了。平臺相當於火箭的大腦，平臺倒塌對發射影響很大。因為事先沒有任何征兆，大家壹下子陷入了束手無策的境地。沒有線索的排查是最沒頭緒的，時間很緊。當時的壓力是不可想象的。就在大家都沒有頭緒的時候，馬佳卻很淡定。他組織各子系統的研制人員充分溝通，認真核對每壹個數據，認真檢查每壹個環節，真正做到不留死角，不留隱患。在馬佳的有序指揮下，大家齊心協力，僅用兩天時間就查出了故障，並迅速拿出了有效的解決方案，確保了發射任務的圓滿完成。馬甲特別重視技術創新。他在領導組織長征二號丁火箭的技術方案制定、工程設計和試制時，從壹開始就瞄準國內外先進水平，在設計中大膽采用新技術，努力提高火箭的運載能力和發射精度。他還進行了國際領先的激光陀螺捷聯和GPS全球定位系統應用測試。作為主要負責人之壹，帶領長征二號丁火箭研制團隊，經過兩年充分高效的溝通協調，在國內首次實現了火箭發射地面測試系統的標準化、組合化、系列化。
除了帶領大家完成各種任務，馬佳還經常自己推導公式，在學習前人成功經驗的基礎上不斷推陳出新。在推進劑利用系統研制初期，為了解決控制中的晃動難題，采用了非常復雜的方法。馬甲自己推導公式，提出變系數法，分步幹預控制，避免了控制量的大起大落。類似這種在設計實踐中發現並解決問題，在應用他人成果的基礎上進壹步創新的案例，在馬佳的作品中還有很多。
2003年6月65438+10月1日，由100多人組成的長征二號火箭發射團隊來到酒泉衛星發射中心。長征二號火箭擔負著發射我國新壹代返回式科學實驗衛星的任務，是國家經濟建設的重點型號，對增強綜合國力具有重要意義。同時，這也是馬甲擔任總師後發射的第壹枚火箭。他感到責任重大。由於種種具體原因，當時留給他們的有效工作時間已接近極限。在保證火箭發射可靠性的前提下，爭分奪秒的時間和速度成為發射成功的瓶頸和關鍵。為確保任務按時完成，馬佳帶領發射團隊積極與發射場同誌協調溝通，制定了切實可行的工作方案。在他的嚴密組織和精心指揮下，在大家的齊心協力下，終於圓滿完成了火箭轉場、單元測試、分系統測試、匹配測試、總檢、星箭對接、加註、發射。165438+10月3日，火箭升空，衛星準確入軌。此次發射以28個實際工作日的進度創下了中國測試發射流程的新紀錄。
2004年，馬甲帶領長征二號火箭試驗隊再次奔赴酒泉，承擔發射返回式衛星的光榮使命。雖然發射前由於特殊原因，發射團隊壓力很大，但馬佳再次展現了壹個將軍的風範，沈著冷靜，壹絲不茍地指揮著各項準備工作。9月27日，伴隨著巨大的轟鳴聲，火箭再次成功將衛星送入太空，為中華人民共和國成立55周年獻上了壹份厚禮。同時，這次任務也作為長征系列運載火箭的第80次發射而被載入史冊。
技術越來越成熟的馬甲還擔任了中國新壹代運載火箭副總指揮、副總設計師，參與了中國運載火箭的戰略研究。同時，馬甲還參與了國家“863”航天運輸系統專家組的工作，瞄準世界最先進的航天技術，積極開展中長期航天發展研究。