“整體觀”強調人體本身和自然是壹個整體，同時人體結構和各部分是相互聯系的。
②“陰陽五行”是解釋事物之間對立統壹的理論。
③“藏象經”主要研究五臟、十二經脈、奇經八脈的生理功能、病理變化及其相互關系。
④“病因病機”闡述各種致病因素是否作用於人體以及疾病發生變化的內在機制。
⑤“診療”是中醫認識和治療疾病的基本原則。
⑥《預防與養生》系統闡述了中醫養生理論，是養生防病經驗的重要總結。
⑦“運氣論”研究自然氣候對人體生理病理的影響，並以此為基礎指導人們趨利避害。
歷代醫家對《黃帝內經》進行分類研究。其中楊尚山是最復雜的壹個，分為18類；最簡單的是沈有朋，共分4冊。有臟腑(包括經絡)、病機、診療四大學說。這四個理論是《黃帝內經》理論體系的主要內容。藏象理論是研究人體臟腑經絡系統的生理功能、相互關系、外在表現乃至與外界環境關系的理論。
藏象理論是基於十二經脈，五臟。當然，解剖學的內容遠不止這些，但更重要的是通過大量的醫學實踐和反復論證，逐步豐富這壹理論，最終達到指導臨床的高度。
《黃帝內經》充分實現了“內必形於外”的辯證原則，使藏象理論系統化、完善化。藏象理論主要包括臟腑、經絡、精氣三部分。臟腑是由五臟六腑和奇恒臟腑組成的。
五臟，即肝、心、脾、肺、腎。
六腑，即膽、胃、大腸、小腸、膀胱和三焦。
奇恒腑也屬於腑，但與正常腑不同。指腦、髓、骨、脈、膽和子細胞。這裏的膽是大腑之壹，屬於奇恒腑。
雖然臟腑是根據不同的形態和功能來劃分的，但它們並不是孤立的，而是相互配合、相互利用的。
經絡系統可分為經絡、絡脈和穴位。十二經脈:手太陰肺經、手陽明大腸經、腳陽明胃經、腳太陰脾經、手少陰心經、手太陽小腸經、腳太陽膀胱經、腳少陰腎經、手厥陰心包經、手少陽三焦經、腳少陽膽經、腳厥陰肝經。十二經脈首尾相連，生生不息，經氣流行於其中。與經典不同的還有八大奇經:督脈、任脈、沖脈、帶脈、陰橋脈、陽橋脈、脈、陽萎脈。(註:《奇經八脈》的名稱是從《二十七難經》開始的)
經絡之間的交流稱為絡脈。最年輕的是無數的孫羅；最大的是十五，叫做十五絡。靈樞經絡很詳細。
穴位是經絡和氣血進出的地方，就像交通工具壹樣，因此而得名。《黃帝內經》講腧穴者，先見蘇文《氣輔論》，後見蘇文《氣輔論》。兩種理論都講365分。其實氣穴論包含342分，氣符論包含386分。
精神是人體的三寶。精，包括精、血、津液、津液；氣指的是宗族精神、榮、守；神是指神、魂、靈、誌、誌。精和氣是構成人體的基本物質，氣和神是人體的復雜功能。也可以認為氣為精之禦，精為神之家，神為精之用。研究疾病發生、發展、轉歸和變化的內在機制的理論，稱為疾病機制理論。
《蘇文至真大論》中說“須察病機而不失氣”，“嚴察病機，各司其職”就是這壹理論的內容。
1.病因:人類生病的原因很多，在《黃帝內經》中分為兩類。風、雨、寒、夏，其實是“六淫”的概括；陰陽情誌是“七情”的概括；吃喝就是“吃喝疲勞”。可以認為這就是後世三因論的起源。
2.發病:正邪強弱的對比決定了疾病的發生發展，即“正氣存內，邪不可為”。這壹點，已經被蘇文的“神在內，病在常安”的古代天真學說，以及蘇文的“邪氣必聚，氣必虛”的熱病論所證明。
3.病損:疾病的變化是復雜的，《黃帝內經》總結的病損也是多種多樣的，有從陰陽總結的，有從表裏總結的，有從寒熱總結的，有從虛實總結的，指的是邪氣過盛，正氣下降。總的來說，有正有假，有惡有真，有正有假無真惡，有正有假無真惡。望、聽、問、切四診源於《黃帝內經》。
1.觀察:包括望、望、辨舌苔。
望診法，如靈樞五色、靈樞吳躍武氏、靈樞五色等，具有重要的臨床意義。
觀形者，觀人血肉之膚，推斷病情。在臨床上，虛實是復雜的，只有了解其規律性，才能實現其變化。
辨舌苔者，如蘇文熱論、蘇文熱論、靈樞等。
2.嗅覺診斷:包括嗅覺和嗅覺。
聞聲者通過聽病人的聲音來診斷疾病。
其次是氣味，如蘇文金匱嚴陣所說，肝病是臭的，心臟病是臭的，脾病是臭的，肺病是臭的，腎病是臭的。
3.詢問:詢問病人的自覺癥狀以診斷病情。
4.脈診:包括切脈和切膚。《黃帝內經》脈象最為詳細，主要如下:
(1)三分九等法:即三分手腳，天地各等三人。
(2)迎寸口脈法:即將迎寸口和寸口兩處的脈搏進行檢查和比較。
(3)調息:調節醫生的呼吸，診斷病人的脈搏。
(4)胃氣脈:脈象中是否有胃氣很重要。有胃氣則生，無胃氣則死。
(5)六類脈象:《黃帝內經》脈象有浮、沈、遲、數、虛、實、滑、澀、長、短、弦、細、微、濕、軟、弱、散、慢、快、動、泛、蹲、弱等多種。但往往以六脈為綱來概括。
其次是切膚:切膚是指全身皮膚，根據皮膚有很多東西可以幫助診斷，比如“循之”、“按之以彈之”。但最詳細的理論是切皮。因為脈象必然與皮膚有關，所以在診斷疾病時，它們也可以相互配合。研究治療原則的理論稱為治療原則理論。
1.輕癥預防:包括病前預防和病後預防。比如“春夏養陽，秋冬養陰”都說預防疾病，及早治療疾病，防止疾病擴散。
2.根據時間、地點和人:
適應時間的人是告誡醫生不要犯四時寒熱涼之氣。
因地制宜，處理不可壹概而論，必須區別對待。而《蘇文怡方醫論》則詳細論述了東南西北“同病異治”的地方情況。比如在東部地區，它的處理方式應該是石頭；西境，治毒；北方境內，宜灸治；在南方地區，治療應該是微針；在中央政府的領土上，適當引導和施壓。
那些因人而異的，比如蘇文的五常政治大學說，蘇文的四失征用說。
3.標本順序:即因原發病和次發病先後給予治療。關於連續處理標本的大法在蘇文的《標本與疾病傳》中有最詳細的描述。
4.求病根:這是《黃帝內經》最根本的法則。《蘇文陰楊穎象大論》說:“治須以本。”
5.因勢利導:在治病的基礎上巧妙地改變局面。
6.協調陰陽:這是治療大法的精髓。
7.正確治療和反向治療:正確治療也稱反向治療，是壹種與病情相反的直線治療方法。比如“熱者為寒，寒者為熱，虛者為補，實者為瀉”等等；反治也叫從治，比如“寒因寒用，熱因熱用，壹般道理通用，塞納河用”等等。
8.因勢利導:扶正祛邪都要適度，尤其是對於虛實夾雜之證。記住“不可多，不可少”，就算用了補劑也過不去。
9.以病為本，以工為本:《蘇文·唐逸傳·勞侖》指出:“以病為本，以工為本。”這意味著疾病是客觀存在的，是根源；醫生知道治病是標準。醫生必須以病人為基礎，這樣才能獲得相同的樣本，治愈疾病。
10.辨證論治:《黃帝內經》沒有提出“辨證論治”這個詞，但是提出來了。以上幾點都包含這個意思，書中有臟腑經絡八綱六經辨證的內涵。
11.組方送藥:《黃帝內經》所載方藥不多，但其原理已有。
12.針灸艾灸:《黃帝內經》講經絡、穴位、針灸的人很多，僅補瀉法就有呼吸補瀉、方劑補瀉、深層補瀉、徐氏補瀉、輕重補瀉等。這些方法被後世沿用。