昆崳山的土壤類型屬於森林棕壤。以沙土為主，土壤母質以花崗巖為主，結構松散，層次不清，呈酸性或微酸性。截止2011年11月，昆崳山國家森林公園共有野生高等植物161科，536屬，1073種(含變種和變型)，維管束植物65433種。維管植物的科、屬、種分別占山東省總數的62.8%、47.7%和38.1%，野生種子植物的科、屬、種分別占山東省總數的80.1%、67.6%和56.5%，是植物種類最豐富的地區之壹。在已記錄的野生植物種類中，有國家壹、二級保護植物銀杏、核桃楸、結縷草、野生大豆、水曲柳、黃柏、紫椴7種，國家二級保護真菌——松茸1種，蘭花8種被列入《瀕危野生動植物種國際貿易公約》。“山東省珍稀瀕危植物”46種。山東特有植物22種，其中昆崳山特有植物13種。植物模式標本有8種，分別是:膠東白樺、膠東椴、長梗花椒、膠東景天、山桃、山桃、白樺、栓皮櫟。
昆崳山國家森林公園植物種類豐富，區系復雜，是山東植物資源最豐富的基因庫。昆崳山國家森林公園在陸生動物中屬於古北界。陸生野生動物以古北界動物為主，也含有東方成分。在中國動物地理區劃上，屬於華北丘陵省和黃淮亞區。動物群落屬於暖溫帶森林-森林草原和農田區系。在山東省陸生脊椎動物地理區劃中屬於膠東丘陵區。
截止2012月，昆崳山國家森林公園共記錄野生動物10目47目225科1161種。
在昆崳山國家森林公園，共記錄國家壹級保護野生動物9種，國家二級保護野生動物40種，山東省重點保護動物54種，采集昆蟲模式標本1種，列入《瀕危野生動植物種國際貿易公約》。山東省唯壹的毒蛇——腹蛇，就廣泛分布在這個地區。1992以昆崳山林場為基礎建立昆崳山國家森林公園；
2011年投資200多萬元，按照4A級旅遊景區標準完善景區基礎設施，提升服務能力和質量，提升景區檔次；
2006年，在港友楊先生的幫助下，投資600多萬元對全真祖廟進行了恢復重建。
5438年6月至2006年10月，投資3000萬元在昆崳山國家森林公園太博頂景區建成昆崳山森林文化博物館，成為以展示森林文化為主題的科普教育場所。
2013推出《仙境昆玉》的“仙居”和“道音”產品。推出了具有濃郁膠東文化特色的桃源林家樂項目；計劃建設壹座以“花與假日”、“田園假日”為主題，具有濃郁膠東風情的精品休閑、療養、觀光、度假酒店。這些項目總投資約為21萬元；
2014昆崳山概念性總體規劃已完成並通過評審。項目規劃了主題和功能明確的七大生態旅遊區:正門生態旅遊區、中心鎮生態旅遊區、溫泉度假旅遊區、芳香花谷旅遊區、葡萄酒生態旅遊區、湖畔花田生態旅遊區、森林佛教生態旅遊區。此外，還將在保護區外圍規劃72.91公頃土地，建設膠東風情街、藝術公園、企業家俱樂部、露天劇場、滑雪場、溫泉小鎮、溫泉度假酒店、溫泉度假村、療養院等高端養生項目，總建築面積40.83萬平方米，總投資約50億元。2004年被山東省林業局、旅遊局授予“十佳森林公園”榮譽稱號。
2012，昆崳山國家森林公園成為國家AAAA級旅遊景區；
2012煙臺市旅遊局組織評選，授予昆崳山國家森林公園“2012年度全市旅遊統計先進單位”榮譽稱號；
2013年，昆崳山國家森林公園代表山東省入選全國首批國家生態旅遊示範區。