①說明五臟的生理特點。比如肝臟是“木”，因為它有止瀉的功能，沒有生發的特性。心陽有溫的作用，火有陽熱的特點，所以心屬“火”；脾為生化之源，土具有生化之物的特性，故脾屬“土”；肺氣主下法，金具有清瀉收斂的特性，故肺屬“金”；腎有控水藏精之功，水有潤下之特性，故腎屬“水”。
②說明人體臟腑組織生理功能的內在聯系。比如腎(水)之精養肝，肝(木)藏血養心，心(火)之熱溫脾，脾(土)化為水谷之精充肺，肺(金)下助腎。這就是五臟之間的關系。肺(金)氣下降，可抑制肝陽上亢；肝(木)之順，可解除脾土之郁；脾(土)的運化，可以阻止腎水的泛濫；潤腎(水)可以防止心火過旺；陽-心熱(火)能過分制約肺-氣-金-清-素，這是五臟之間的關系。
③說明人體與外界環境的關系，如食物的四季五味。總之，五行學說在生理學上的應用，在於解釋人體臟腑組織之間，以及人體與外界環境之間相互聯系的統壹性。
2.解釋臟腑之間的病理影響。
比如肝病能散脾，是樹取土；脾病也會影響肝臟，這是對木的侮辱；肝脾同病，相互影響，即木滯土虛或土滯木滯；肝病也會影響心臟，是母病，子病；影響肺，為木辱金；影響腎臟，對於孩子和母親的疾病。肝病如此，其他器官的病變也是如此。五行之間的關系可以用來解釋它們的病理相互作用。
3.用於疾病的診斷和治療。
(1)在疾病診斷中的應用
從顏色、味道和脈搏來診斷內臟的疾病。如果看到臉色發青，喜歡吃酸味，看到脈象有弦，可以診斷肝病；面紅，味苦，脈紅，可診斷為心火過盛。脾虛患者面青，以土為木；心臟病患者，見黑，以火為水，等等。
從其色、味、脈來診斷五臟病的傳播。比如脾虛患者，面色發青，脈如弦，為肝病而散脾(木帶土)；肺病患者面紅耳赤，脈紅，是心臟病蔓延到肺(火取金)。五臟中任何壹個有病變，都可以波及到其他四個臟腑。根據五行學說，有四種傳變關系:繁衍、互犯、母病、子兒病、母。
從色脈關系判斷疾病的預後。如果肝病看起來是藍色的，見弦脈，與色脈壹致。若不見弦脈，而見浮脈，則屬互勝之脈，則克色(金克木)之脈為逆，主預後不良；如見脈象深，則屬於互有聯系的脈象，即生色(水生木)的脈象，平滑，預後較好。
(2)在疾病治療中的應用
(1)控制五臟疾病的傳播。如果肝病能散脾(木帶土)，提前補脾，防止其擴散。“看到肝的病，就知道肝要傳脾，所以要先鞏固脾氣。”
②確定治療原則。概括為“補母瀉子”法，即“虛為補母，實為瀉子”。補母針對的是有母子關系的虛證，比如因肝不足而補腎，因為腎為肝之母，所以補腎水可生肝木。腹瀉是根據母子關系的證據來治療的，比如肝實瀉心，因為心是肝之子，瀉心火有助於瀉肝木。
比如可以總結為“抑強減皮”法，根據兩者的關系來確定治療原則，即抑者瀉強，抑者補弱。如果肝木過旺，脾土過旺，壹定是腹瀉，脾土虛弱，壹定要補。
(3)制定處理方法。在藥物治療方面，如滋水埋樹，是壹種滋補腎陰養護肝陰的方法，適用於腎陰不足、肝陰不足的疾病。再如養土生金法，即健脾益肺法，適用於脾失健運，肺氣虛弱之癥。再比如扶土抑木法，這是壹種用疏肝健脾的藥物治療肝郁脾虛的方法。
此外，在針灸和心理治療中，五行的克制可以用來選穴和調節情緒。如果悲傷能戰勝憤怒，那是因為悲傷屬於肺，憤怒屬於肝。
在實際應用過程中，陰陽五行學說往往是相互聯系、密不可分的。陰陽五行學說的結合，不僅可以解釋事物矛盾兩面之間的壹般關系，還可以解釋事物之間更具體、更復雜的關系，有利於解釋復雜的生命現象和病理過程。