建立九年後(1198)，11年10月，帝後鳥語把仁宗的皇位讓給了兒子，是給土禦門天皇的。此後，Gotobajoko皇帝設立了壹個宮廷行政機構，以協助三代皇帝:Tsuchimikado，順德和仲宮。他積極改革學校行政，在1199元來朝死後，對鐮倉幕府采取強硬態度，試圖將其控制在自己手中。源賴家被廢黜後，元千番被天皇封為“史超”，並被任命為鐮倉幕府第三代將軍，試圖擴大朝廷在幕府的影響力。當minamoto no sanetomo擔任將軍時，朝廷和幕府的關系非常密切。皇帝曾經提出過“宮將軍”的主張，就是讓太子成為將軍。然而，史超遇刺後，朝廷與幕府的關系惡化，幕府拒絕了朝廷“宮將軍”的想法
成九元年(1219)，內衛賴茂率領西域武士叛變，最終被鎮壓。壹個原因是賴太祖試圖脅迫皇帝成為將軍，另壹個原因是他要求皇帝發布謝幕的朝廷公告。仁壽殿、益陽殿、校書殿等多處宮殿被燒毀。天皇下令全國征收重建皇宮的費用，但是鐮倉幕府統治下的東方各國都拒絕向朝廷進貢。這使得朝廷和幕府的關系急劇惡化。
成久3年(65，438+02，265，438+0年)438+04年5月65日，當時幕府執政時，後藤若子天皇發布朝廷宣言，召集木裏及周邊國家的武士討伐幕府，史稱成久亂。北島芳史率軍反擊，帝國軍大敗。兩個月後的7月9日，北島芳史之子太史率654.38+09萬大軍進京，將後藤若子天皇放逐到殷琦島，順德天皇放逐到佐渡島，土玉門天皇放逐到土佐島。戈托巴約科皇帝的太子亞成被流放，而馬國和賴仁則為前者而被流放。與此同時，他廢黜了順德黃裳之子仲宮皇帝，立後主黃裳之弟壽真太子之子茂仁為新皇帝，也就是後來的渭河皇帝。壽真太子作為以太皇帝，為後高倉時代的朝廷掌管朝政。
哥托巴約科皇帝在流放殷琦島前出家為僧。晏嬰元年(1239)二月二十日，哥托巴約科皇帝死於殷琦島。同年5月，西安安德宇。秦始皇死後，後高倉醫院被切斷，然後他的孫子，皇帝後羿，即位。仁智三年七月(1242)，醫院名稱變更為Gotobajoko醫院。