P2:這壹步是堿處理。其中NaOH主要用於溶解細胞，釋放DNA，因為在強堿性的情況下，細胞膜已經從雙層膜結構變成了微膠囊結構。SDS與NaOH結合的目的是增強NaOH的強堿性，SDS作為陰離子表面活性劑破壞脂雙層膜。
P3:溶液III用於蛋白質沈澱和中和反應。其中醋酸鉀形成PDS是為了讓SDS中的鉀離子取代鈉離子，因為十二烷基硫酸鈉遇到鉀離子就變成了十二烷基硫酸鉀，PDS不溶於水，同時壹個SDS分子平均結合兩個氨基酸，所以鉀鈉離子取代產生的大量沈澱自然沈澱了大部分蛋白質。
2M醋酸用於中和氫氧化鈉。基因組DNA壹旦斷裂，只要是50-100 kb的片段，就沒有辦法被PDS * * * *沈澱，所以堿處理時間要短，不允許劇烈振蕩，否則最終得到的質粒中總會有大量基因組DNA混入，瓊脂糖電泳可以觀察到壹條粗的總DNA帶。
75%酒精主要用於凈鹽和抑制脫氧核糖核酸酶；；同時，溶液III的強酸性也是為了讓DNA更好的與矽酸鹽纖維膜結合。
擴展數據
質粒具有自我復制的能力，使其在子細胞中保持恒定的拷貝數，並表達其攜帶的遺傳信息。細菌質粒是DNA重組技術中常用的載體。載體是通過基因工程手段將有用的外源基因送入受體細胞進行增殖和表達的工具。
將某壹目的基因片段重組到質粒中構成重組基因或重組體。然後通過微生物轉化技術將重組體轉化到受體細胞(如大腸桿菌)中，使重組體中的目的基因在受體細菌中繁殖或表達，從而改變宿主細胞原有的特性或產生新的物質。
百度百科-質粒
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