萬歷五年升任詹師府的王希爵，也是國子監的總管，並擔任管院學士。這時，財政部侍郎李有子為了討好張(即可以服喪於職，不孝順)，提出了“奪愛”的主張，與封建思想不符，遭到了眾臣的反對。但奪了翰林編修吳中行之職，王希爵向皇帝和張求情，並賜禮送他們餞行。
四絕於萬歷六年回到張老家安葬父親。許多官員聯名邀請張回朝，但他拒絕簽字，而是申請回家探親，直到父親病逝。
萬歷十二年，喪期過了，神命他去祭奠禮部尚書、大學士文葛源。因為當時太仆寺的記錄，邵青李治以選錯了生地為由彈劾，實際上是有預謀地把王希爵推為會稽，但王希爵並沒有為他的得意門生李治呼應，也沒有因為世仇而大攻張，取而代之的是。但李治反而被瓦解，宗申批準李治降三級。
在長達十年的“建國”鬥爭中，宗申出爾反爾。最後，王羲之提出了“合封三王”(長子、三子、五子)的主張，這與宗申“立而不長”、“靜待皇後出世”的主張不謀而合。消息傳開，引起壹片嘩然，大臣們都認為自己被皇帝戲弄了，對王希爵很生氣。光祿寺朱維靖被撤職，並被逐出軍隊。工部尚書樂當面訓斥，庶吉士發函勸王希爵有壓力，最後勸皇帝收回。後來因為皇帝有意推遲冊封太子，王希爵經過反復做工作，同意在冊封太子前講學。
萬歷21-22年，王希爵提出宮中儲銀濟民(河南饑荒)，停止江南織造擾民，減少雲南貢賦征收。這時，在檢查官員時，吏部尚書孫勇和考試博士趙南星被確定要被淘汰，王希爵的親信也在其中。王求情不允，被左都禦史李士達攻擊。在向皇帝申訴後，皇帝罷免了吏部尚書孫勇和考試博士趙南，這大大降低了他的威望，使他不斷受到彈劾。雖然他為自己辯護，但他無法安心。最後，
萬歷二十二年，歸隱太倉，難以擺脫是非之擾。比如宗申疏於施政，官員多次批評皇帝，於是邀請王希爵回來，王希爵卻遮遮掩掩:“如果再有這樣的奏折，就別管了，就當是鳥鳴吧。”這個秘密泄露出去，大臣們壹片嘩然，個個怒氣沖沖，成為眾矢之的。他知道自己理虧，也不再辯解，關門健身。盡管宗申幾次邀請他出山，他還是堅持。