先去找博士，看到女主角在門口，對話得知冠鳳鎮老太太有請，飛到冠鳳鎮，在中上方的房間裏跟老太太對話獲得珍珠獸圖鑒（珍珠版則獲得鉆石獸圖鑒）。這樣新奧圖鑒基本就可以收集齊了——在這裏補充壹句，如果在通關前盡可能得與訓練師對戰，那麽應該已經見過所有的怪獸，如果還有沒見過的，那麽請再去尋找吧（有的怪獸比如65號在遊戲中只在鬼系道館出現過，但此怪獸是珍珠版限定，那麽玩鉆石版的人只能請別人幫忙傳壹只過來了）。完成圖鑒後回真砂鎮找博士對話，這時大木老頭趕到，升級圖鑒為全國圖鑒，同時221號道路的PALU公園可以開始使用（GBA聯動），新的冒險正式開始！
飛往最上方的金岬市，與下方港口的船員對話後到達戰鬥區域，見到勁敵，接收紅發女孩委托，接下來先去右邊的建築物裏拿點數卡片，以後用來記錄BP值的；向上走是戰鬥塔，在這裏又遭遇第八道館主和勁敵，不過不進行戰鬥。戰鬥塔裏可進行對戰挑戰。
從戰鬥塔右下方進入230水路，向右路過229號水路到達名勝區，這裏有壹個建築需要獲得了選美大賽的緞帶才能進入，暫時作用不明；從名勝區向上進入229道路，繼續向上進入228道路，這裏是風沙地帶，註意這裏是考驗自行車快速轉彎的地方，中間有個房間的老人教給三主角對應系別的最強技能。穿過228道路，從右下方向左進入226水路，左行來到遺跡區；繼續右行進入225道路，壹路下行經過城市玄關回到戰鬥區港口。整個地區的大回環完成。註意在最後的玄關出口處與旁邊的釣魚大叔對話可以獲得高級釣魚桿。
全特殊神獸捕獲劇情
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1.第三只聖菇
已判明第三只紅色聖菇將隨機出現在全世界地圖上，並且進入戰鬥就會逃跑，同夢獸壹樣無論是否遭遇過都不會顯示在普通地圖上，需要運用口袋手表的地圖追蹤功能進行追蹤。超能系，等級50。
2.火鋼獸
從226號道路右側的玄關外向上進發（攜帶攀巖、碎石、怪力的怪獸），到達227號道路，這裏是火山灰地帶，看到水系館主和勁敵，與此處小屋裏的老人對話可休息回復體力；上山後會見到港口處的紅發女孩；從左上側進入洞穴，看到勁敵在此，他說只能幫女孩到這裏了；繼續進入洞穴與女孩組隊，帶她壹起進入上方洞口，她將哈德山脈鎮山石頭拿走，發生震動後離開。
返回226水路左側的遺跡區，在精靈中心左邊的房間找到紅發男，與其對話後離開，再次進入哈德山內洞穴深處，面參NO.485ヒードラン火鋼獸，火+鋼，等級70。
3.聖柱王
這個需要和GBA版進行通信。在第七道館所在城市的中上方的房屋，當被人阻擋時道館主會趕來承認主角的實力並允許進入，在最深處見到聖柱王，但並不會發生戰鬥，按照提示，把GBA版本的巖/鋼/冰三聖柱傳輸到DS版中後（讓其他人通過無線通信或WIFI傳過來也可以，網上已經有人改出了三聖柱），攜帶這三只怪獸再來到這裏就會進入戰鬥，捕獲NO.486聖柱王レジギガス，普通系，等級70。
4.鬼龍
回到四天王前的洞穴，右側原先堵路的胖子消失了，帶上習得清霧的怪獸進入洞穴，看到在這裏著急的女孩麻衣，與她結伴前行，到達右上方的洞口後她向主角道謝後離開，跟著她出洞，在最上方看到壹個白色的空石板，不過暫時什麽都沒有……看起來像鏡子壹樣？
把這個任務都完成後，214號道路右側柵欄缺口處將開啟新道路，帶山回攀巖和碎石的怪獸進入後在湖泊上方的洞穴，進入後裏面是巨大的巖石迷宮，用碎石可破壞巖石，但是這個迷宮真的很傷腦筋不知道該如何破解，石板上寫著“……3本の柱を抜けて……に……を奉げる……が……30を越える前に……”暫時不知道什麽意思，我承認我是瞎撞運氣摸過過來的……謎題解開後見到No.487鬼龍ギラティナ，鬼+龍，等級5.夢獸
時間限定為夜及深夜，美央市（第六道館城市）與左下方房屋內床上的小女孩對話後到旁邊港口與船員對話到達滿月島まんげつじま，在深處見到NO.488夢獸クレセリア，超能系，等級50，它隨後逃跑，揀起它留下的道具みかつきのはね（三日月的羽毛）後返回美央鎮，交給小女孩後結束劇情。同第三只聖菇壹樣，夢獸將隨機出現在地圖的任何地方，運用口袋手表的地圖追蹤去追蹤吧！
6.菲奧奈
瑪娜菲的退化形態，只能通過讓瑪娜菲生蛋獲得，但據說其並不能進化成瑪娜菲，不僅如此，其能力比瑪娜菲低壹些，它的存在也是謎壹樣的存在，期待著從破裂的蛋殼中看到他的那個瞬間，NO.489フィオネ，水系。
7.瑪娜菲
與DS前作《口袋RANGER》中完成的W任務進行通信互動後獲得，被譽為海之王子的NO.490マナフイ，水系。
NO.491惡夢
得到會員卡,並解決船長女兒的夢魘事件後,進入口袋妖怪中心上方原來進不的房子,和眼鏡男對話,然後上床睡覺,會夢到自己來到壹個孤島:新月島,壹直深入,在樹林遇見40級的惡系神獸,惡夢.收服後醒來
NO.492草刺猬
得到大木博士的信,去冠軍山洞內又側的壹個出口,需攀巖技能,傳過山洞後來到224號道路,走到盡頭後看到大木,對話之後,他會讓玩家對著石頭祈禱,之後前面會出現壹條鮮花大道,走到盡頭後見到,就見到30級的草刺猬
NO.493阿魯薩烏斯
得到輪回之迪後,去殿元山,深入到捉迪亞路加的地方,會有迅問妳要不要吹笛子,吹完之後,神獸祭壇前就會出現壹條天梯,通天梯到達頂端,就會遇到傳說中用1000只手創造宇宙的超神獸,在到達天梯頂端前應存檔,否則壹但看到超神獸它會自動撲上來…
其他分支劇情
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11.電鬼
時間限定為夜及深夜，從白岱市向左進入森林，發現第二道館首領在此，對話後離開，使用秘籍01切斷小樹進入上方鬼屋，2F左側第二個房間，調查電視後出現NO.479電鬼ロトム，電+鬼，等級15。攜帶的怪獸不要太厲害，人家只有15級……劇情裏只出現壹次的怪獸之壹；
12.安農
在牛仔鎮右側有安農遺跡，在最底下的石板處寫有暗比 可 胛粗 喲ナ保 觥 保 占 肴 ?6只字母安農後114號道路上方的洞穴出現新道路，左側遺跡可捕獲？和！形態，但不知道本作是否增添新形態安農。疑似本劇情與種族值720的超神獸有關。
13.3D龍
時間限定黃昏，在綠城下方的豪宅處與樓內主人對話會發生炫耀劇情，此後在黃昏時間可在屋後的草叢中可以捕獲到3D龍原始形態。（開始疑似本劇情與草刺猬有關，現在看來不是……）
p.s.三只聖獸均要參加xxx活動才能得到關鍵道具，但有BUG可以抓到491和492（我用的燒錄，決定可行，我試過），附上：
帶會沖浪、飛天、瞬間移動/鉆地的到第壹個4大，手表記步器清0。穿過門第壹格（沖浪消失處）右邊200步，向下256步（累計456）左邊63步（累計519）。此時已經到世界地圖左上方，使用挖掘套裝，然後返回地面，此時可能花屏，開物品欄回變好，向左邊進入森林，就有40J的黑嘯靈。捕獲度同水菇壹樣
草刺猬：
來到剛才的第壹格，右邊200步，向下363步（合計563）再向右704（合計1267）下地再返回，這次花屏不要理會。壹直往上走。路很長草刺猬在盡頭的花海中！~ 30j,捕獲度45？
p.s. 用此bug壹旦失敗，將造成永遠困在bug中的情景，所以請燒錄卡玩家備份存檔，z版可以帶壹只中毒的pm，用毒死後回pm中心的方法逃出...
NO.493超聖獸嘛..用修改器改出輪回之笛吧~~