由於目前沒有特效的抗病毒藥物，尖銳濕疣的治療必須采用綜合治療。
(壹)治療誘因：白帶過多，包皮過長、淋病。
(二)提高機體免疫力。
(三)應用抗病藥物。壹般只要堅持規則的綜合治療都可治愈。
1.手術療法
對於單發、面積小的濕疣，可手術切除;對巨大尖銳濕疣，可用Mohs氏手術切除，手術時用冷凍切片檢查損害是否切除幹凈。
2.冷凍療法
利用-196℃低溫的液體氮，采用壓凍法治療尖銳濕疣，促進疣組織壞死脫落，本法適用於數量少，面積小的濕疣，可行1-2次治療，間隔時間為壹周。
3.激光治療
通常用CO2激光，采用燒灼法治療尖銳濕疣，本療法最適用女陰、陰莖或肛周的濕疣。對單發或少量多發濕疣可行壹次性治療，對多發或面積大的濕疣可行2-3次治療，間隔時間壹般為壹周。
4.電灼治療
采用高頻電針或電刀切除濕疣。方法：局部麻醉，然後電灼，本療法適應數量少，面積小的濕疣。
5.微波治療
采用微波手術治療機，利多卡因局麻，將桿狀輻射探頭尖端插入尖銳濕直達疣體基底，當看到就體變小、顏色變暗、由軟變硬時，則熱輻射凝固完成，即可抽出探頭。凝固的病竈可以用鑷子挾除。為防止復發，可對殘存的基底部重復凝固壹次。
6.β-射線治療
我們應用β-射線治療尖銳濕疣取得了較為滿意的效果，該方法療效高，無痛苦、無損傷、副作用少，復發率低，在臨床上有推廣價值。
7.藥物療法
(1)足葉草脂：本療法適用濕潤區域的濕疣，例如發生於包皮過長而未曾作包皮環切除手術的龜頭及會陰部的濕疣。但對宮頸尖銳濕疣不能用足葉草脂治療。用20%足葉草脂酊劑塗到皮損處或用藥前，先有油質抗菌藥膏保護皮損周圍的正常皮膚或粘膜，然後塗藥，用後4-6小時，用30%硼酸水或肥皂水清洗，必要時3天後重復用藥，該藥是國外用於本病治療的首先藥，壹般用壹次可愈。但有很多缺點，如對組織破壞性大，使用不當可引起局部潰瘍。毒性大，主要表現為惡心、腸梗阻、白細胞及血小板減少，心動過速、尿閉或少尿，故使用時必須謹慎，發現上述反應時，應立即停藥。
(2)抗病毒藥：可用5%酞丁胺霜劑，或用0.25%皰疹凈軟膏，每日2次，外塗。無環鳥苷口服，每日5次，每次200mg，或用其軟膏外用，α-幹擾素每日註射300萬單位,每周用藥五天。或幹擾素300萬單位註入疣體基部，每周2次。連用2-3周，主要副作用為流感樣綜合癥，局部用藥副作用較少且輕微。
(3)腐蝕劑或消毒劑：常用有30%-50%三氯醋酸或飽和二氯醋酸，或18%過氧乙酸。用10%水楊酸冰醋酸或40%甲醛、2%液化酚、75%乙醇蒸餾水100ml混合溶液，點塗局部，用於龜頭、肛周濕疣，每日或隔日壹次，效果甚好。消毒劑可用20%碘酊外塗，或2.5-5%碘酊註射於疣體基部，每次0.1-1.5ml，或用新潔爾滅外塗或以0.1-0.2%外敷，後者需配合全身療法。
(4)抗癌藥
①5-氟脲嘧啶(5-Fu)：壹般外用5%軟膏或霜劑，每日2次，3周為壹療程。2.5%~5%氟脲嘧啶濕敷治療陰莖、肛周尖銳濕疣，每次敷20分鐘，每日壹次，6次為壹療程。也可用聚乙二醇作基質，加入占其幹質5%的5-Fu粉劑制成栓劑，治療男女尿道內尖銳濕疣，也可用5-Fu基底註射，多者可分批註射。
②噻替哌：主要用於5-Fu治療失敗的尿道內尖銳濕疣，每日用栓劑(每個含15mg)，連用8天，也可將本品60mg加入10-15ml消毒水中，每周向尿道內滴註，保持半小時，副作用有尿道炎。亦可用本品10mg加入10ml浸泡患處，每日3次，每次半小時，治療陰莖、龜頭冠狀溝濕疣，主要用於經其它方法治療後，尚有殘存疣體或復發者。也可將此溶液再稀釋兩倍浸泡局部，以預防復發。
③秋水仙鹼：可用2-8%的生理鹽水溶液外塗，塗兩次，間隔72小時治療陰莖濕疣，塗後可出現表淺糜爛。
④爭光黴素或平陽黴素：用0.1%的生理鹽水溶液作皮損內註射，每次總量限制在1毫升(1mg)，大多壹次可愈。平陽黴素為爭光黴素換代品，用法基本相同，亦有用平陽黴素10mg溶於10%普魯卡因20ml內註射。
8.免疫療法
①自體疫苗法:用病人自己的疣體組織勻漿(融冷滅活病毒)，並進行加熱處理(56℃壹小時)收集上清液註射，可用於頑固性肛周濕疣。
②幹擾素誘導劑：可用聚肌胞及梯洛龍。聚肌胞每日註射2ml，連用10天，停藥1-2月後，再繼續用藥。梯洛龍每日3次，每次300mg，停藥4天，或隔日口服600mg。
③幹擾素、白介Ⅱ，靈桿菌素，利百多聯合應用，療效較佳。