手術方式有開腹手術和經腹腔鏡手術兩種。腹腔鏡手術是本病最佳的處理方法。目前認為以腹腔鏡確診、手術+藥物為內異癥治療的金標準。有條件的醫院，腹腔鏡手術應為內異癥的首選治療方法。但腹腔鏡手術的選擇及效果在很大程度取決於設備、器械和手術者的經驗及技巧。開腹手術可用於腹腔鏡條件不具備或非常復雜的手術，如嚴重粘連和有多次手術史者。
卵巢巧克力囊腫（chocolate cyst of ovary）又名卵巢子宮內膜異位囊腫，是子宮內膜異位癥的壹種病變。正常情況下，子宮內膜生長在子宮腔內，受體內女性激素的影響，每月脫落壹次，形成月經。如果月經期脫落的子宮內膜碎片隨經血逆流經輸卵管進入盆腔，種植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成異位囊腫，這種異位的子宮內膜也受性激素的影響，隨同月經周期反復脫落出血，如病變發生在卵巢上，每次月經期局部都有出血，使卵巢增大，形成內含陳舊性積血的囊腫，這種陳舊性血呈褐色，黏稠如糊狀，似巧克力，故又稱“巧克力囊腫”。這種囊腫可以逐漸增大，有時會在經期或經後發生破裂，但很少發生惡變。卵巢巧克力囊腫雖然是良性疾病，卻有增生、浸潤、轉移及復發等惡性行為。此類卵巢囊腫是25～45歲的生育年齡婦女最常見的疾病之壹，發病率為10%～15%。子宮內膜異位病竈會隨時間增加而變大，漸漸侵蝕正常組織，造成卵巢組織不可逆的損害。嚴重者需要手術處理。
病因
子宮內膜異位的發生主要有三種學說：種植學說，化生學說和上皮由來學說。在卵巢子宮內膜異位囊腫的研究中以種植學說最受推崇。種植學說：Sampsan於1921年首次提出該學說。這壹理論認為，異位的內膜來源於子宮內膜組織，這些組織轉移到宮腔以外的部位，種植和生長。常見的傳播途徑有經血逆流、醫源性種植、淋巴傳播和血管播散等。此外還有免疫學說。
臨床表現
1.痛經
痛經是子宮內膜異位最明顯的癥狀，卻是最容易忽略的先兆，常進行性加重。
2.性交疼痛
這也是壹個明顯的信號，可能還伴有點狀出血，卵巢巧克力囊腫的癥狀並不是十分的明顯。
3.不孕及月經失調
在不孕的女性中，子宮內膜異位造成的不孕占有很高的比例。
檢查
1.病史
重點詢問月經史、孕產史、家族史及手術史。特別註意疼痛或痛經的發生發展與月經和剖宮產、人流術、輸卵管通液術等手術的關系。
2.婦科檢查
除雙合診外，應特別強調必須進行三合診檢查。卵巢子宮內膜異位癥者，在附件區可觸及與子宮或闊韌帶、盆壁相粘連的囊性腫塊，活動度差，往往有輕度觸痛，囊腫直徑壹般小於10cm。
3.腹腔鏡檢查
腹腔鏡檢查是目前臨床上診斷卵巢巧克力囊腫效果最好的方法，主要是在腹腔鏡的輔助下對盆腔進行窺視，能夠精確的找到子宮內膜異位的位置以及病因，並且對其進行精確的診斷。
4.其他輔助檢
（1）影像學檢查 陰道和腹部B型超聲檢查是最簡便易行的診斷方法。是鑒別卵巢子宮內膜異位囊腫的重要手段，其診斷敏感性和特異性均在96%以上，但直徑小於1cm不易測出。B型超聲檢查可確定卵巢子宮內膜異位囊腫的位置、大小、形狀和囊內容物，囊內有無乳頭，提示囊性還是實性，與周圍臟器特別是與子宮的關系等。超聲圖像壹般顯示囊腫呈橢圓形、圓形，囊腫可為單房或多房，與周圍組織特別是與子宮有粘連，囊腫壁較厚且粗糙，囊內有點狀細小的絮狀光點。囊腫大小可隨月經周期出現壹定的變化。由於囊腫的回聲圖像無特異性，不能單純根據超聲圖像確診。盆腔CT及MRI對盆腔內異癥的診斷價值與B型超聲相當，但費用較昂貴。MRI對卵巢內膜異位囊腫的診斷和評估有意義。
（2）血清CA125測定 中、重度內異癥患者血清CA125值可能會升高，但壹般均為輕度升高，多低於100IU/L。但CA125的特異性和敏感性均局限，且與多種疾病有交叉陽性反應，目前無任何壹種腫瘤標記物為某壹腫瘤專壹獨特所有，因此不能單獨用做診斷或鑒別診斷。對於CA125值升高者，血清CA125水平可用於監測異位內膜病變活動情況，治療有效時降低，復發時升高。