它們大多“生活”在人體的消化道和生殖系統中，能從多方面增強人體健康，產生明確的保健作用，如改善腸道微生物的組成和結構，調節人體免疫功能，預防或減輕各種疾病的發生。例如，益生菌可以預防艱難梭菌相關性腹瀉，並輔助治療胃幽門螺桿菌感染。
目前，可用於食品和膳食補充劑工業化生產的益生菌菌株大多屬於乳桿菌(如鼠李糖乳桿菌、嗜酸乳桿菌和幹酪乳桿菌)、雙歧桿菌(如長雙歧桿菌、動物雙歧桿菌、嬰兒雙歧桿菌和嗜熱雙歧桿菌)、嗜熱鏈球菌和馬克斯克魯維酵母。在中國，常見的益生菌有20多種。
特別需要強調的是，益生菌是有菌株特異性的，也就是說，我們在談論益生菌的時候，壹定要知道菌株編號(如鼠李糖乳桿菌Lr-32、長雙歧桿菌BB536等。)，否則會不準確。
此外，由於益生菌絕大多數是厭氧菌，被人體口服後，在經過胃和小腸的過程中可能會死亡。只有在數量較多的情況下，或者經過更好的包被處理後，極少數“幸運兒”才能進入大腸存活，所以服用益生菌制劑需要特別註意以下兩點:
①壹般飯後用溫開水或溫牛奶送服，避免水溫過高；
②活菌制劑與抗酸劑、抗菌藥物、藥用活性炭等壹起服用。可能削弱療效，應避免或至少間隔2小時。
什麽是益生元？
了解了“益生菌”之後，再來說說它的好夥伴“益生元”。
益生元的概念是由“益生元之父”格倫·吉布森(Glenn Gibson)提出的，是指壹些有機物質(壹般是非澱粉多糖或低聚糖)，能夠選擇性地促進體內有益菌的代謝和增殖，而不被宿主消化吸收，從而改善宿主的健康狀況。
根據中國營養學會2021出版的《益生元與健康專家知識》，益生元是壹類不能被人體吸收利用，但能被特定微生物(如腸道有益菌)選擇性利用，從而給宿主帶來健康益處的食品成分。
雖然益生元不能直接作用於機體，但可以促進益生菌的生長和繁殖，抑制腸道內致病菌的定植和生長，從而改善腸道微生態。壹般來說，益生元是益生菌的“營養”或“食物”。
比如低聚半乳糖可以促進雙歧桿菌的生長，可以被腸道菌群發酵成短鏈脂肪酸，從而有助於腸道生理功能的改善。不僅如此，壹些益生元還可以提高鈣的吸收，促進骨骼健康，幫助改善大便特征和次數，促進營養代謝，甚至作用於免疫系統，降低感染和過敏的風險。
國際益生菌和益生菌協會(ISAPP)的最新定義指出，菊粉(如下圖所示)、低聚果糖和低聚半乳糖、植物提取物、多不飽和脂肪酸和酚類等低聚糖和多糖都可以作為益生元，但更高級別的證據是經典定義中的那些低聚糖。
目前大部分益生元作為食品添加劑用於制作塗抹醬、乳制品、餅幹、巧克力、麥片等，而乳果糖是醫院常見的益生元成分。此外，益生元也存在於許多天然高纖維食物中，如壹些水果、蔬菜和谷物。
從益生菌和後生動物的定義來看，益生菌強調活菌，而後生動物不含活菌，即微生物細胞被有意以某種方式滅活，主要包括滅活的細菌、細菌代謝產物和細菌細胞裂解物。由於後生動物不含活菌，天然具有高安全性和穩定性的特點，解決了益生菌應用中遇到的困難，大大拓展了後生動物的商業類型和適用場景。
壹般傳統活菌益生菌需要經歷傳統三部曲才能在人體內發揮健康作用。
第壹部分:需要包埋技術來保護活菌順利通過胃酸和膽鹽。
第二部分:腸道需要壹個良好的菌群，這樣這些活菌才能順利的定居在腸道內。
第三部分:這些活菌產生對人體有保健作用的代謝產物需要48~72小時。
我們通常所說的死菌，是指未能通過三部曲測試，在人體內死亡的細菌。
另壹方面，代謝組學是通過專利熱封技術生產的滅活細菌。利用高科技設備，模擬人體腸道環境，直接生成對人體有保健作用的代謝產物。喝完之後直接吸收，沒有傳統的活菌三部曲。代謝物是對宿主健康有益的無生命微生物和/或其組分的制劑，主要包括滅活細菌、細菌代謝產物和細菌細胞裂解物。在微生物研究領域，後生動物是近年來的研究熱點，也是腸道健康的新解決方案。與益生菌相比，後生動物具有耐氧、耐高溫、耐加工、耐久等突出優勢，不存在細菌移位、耐藥基因傳遞或致病菌汙染等嚴重安全隱患。能平衡腸道菌群，增強免疫力，調節生理機能，促進動物健康生長，不定植。
隨著替代時代的到來，後生動物將成為壹種新型的健康原料，具有廣闊的應用前景和巨大的商業價值。代謝產物可用於食品、動物保護等領域。如食品添加劑、動物飼料添加劑等。