治療營養代謝疾病
結腸微生物群的主要代謝功能是對食物殘渣、腸道上皮細胞分泌的黏液等進行發酵分解，並合成壹些維生素等小分子物質。代謝產生的短鏈脂肪酸，特別是醋酸鹽、丙酸鹽和丁酸鹽能促進盲腸對鈣、鐵、鎂等離子的吸收。丁酸鹽是結腸上皮細胞的主要能量來源，幾乎全被吸收利用，影響結腸中上皮細胞的增殖。這些復雜的代謝產物，對宿主而言是能量和可吸收的底物，但同時也為細菌自身的生長和繁殖提供了能量和營養。因此，微生物菌群與機體是***生關系，當壹系列原因導致動物機體菌群失調後均可采用糞便移植重構正常菌群，達到緩解和治療由失調引起的壹系列癥狀，比如獸醫臨床上常見的惡病質、個體瘦弱、功能性腸便秘和某些營養缺乏癥。
改善機體免疫力低下
腸道黏膜是免疫系統與外環境之間的主要界面。腸道相關淋巴組織是機體最大的免疫細胞群。宿主與腸道黏膜表面菌群的相互作用對於機體免疫系統的發育、成熟十分重要。因此對於免疫力低下的動物，及時通過糞便移植建立正常的腸道微生態結構，讓機體免疫系統有機會接觸各種微生物，或許可以提高機體免疫力。
增強屏障保護功能
腸道菌群可以通過以下幾種機制發揮屏障功能：營養競爭、占位競爭、腸道上皮細胞黏附位點競爭以及產生抗菌物質。因此，在獸醫臨床上，對於各種常發性腹瀉、抗生素治療無效的腹瀉、頑固性痢疾、急慢性腸炎，以及犬細小病毒病、輪狀病毒病等腸道病毒引起的腹瀉，可進行糞便移植，在腸道建立起壹層生物保護屏障，輔助對抗病原微生物。
調整機體能量平衡
根據相關試驗研究結論，可設想在肉用經濟動物生產上，收集強壯健康個體的糞便，移植給瘦弱、食欲不良的個體，達到治療和促肥育、降低料重比的目的。而對於伴侶動物如犬、貓，則移植瘦小、健康的同種個體糞便，以達到控制體重增長的目的。
輔助治療肥胖和II型糖尿病
有關腸道菌群與機體代謝平衡方面又有了壹個新觀點：II 型糖尿病和肥胖與高脂飲食所激發的機體輕度炎癥反應密切相關。然而研究發現，作為壹種細菌性因素,腸道菌群中革蘭氏陰性桿菌產生的脂多糖是高脂飲食誘發機體出現肥胖癥、糖尿病和炎癥反應的前提條件。因此，糞便移植或許可用於獸醫臨床上輔助治療肥胖癥、糖尿病和減輕腸道炎性反應。目前為止，在使用糞便移植的文獻報道中，還沒有提到任何副作用。盡管如此，這項技術並未推廣，到2015年2月為止，僅存在於美國的壹些醫院。問題之壹在於還沒有進行過相關的可控研究，無法防止糞便移植可能傳播難以發現的疾病，像病毒、致病菌、寄生蟲等；之二是因為糞便不是市場銷售的生物制品，操作程序沒有得到統壹的規定，應用劑量也沒有文獻具體報告；之三是由於篩選健康捐獻者的程序復雜，要像檢查器官移植捐贈者壹樣進行檢查，成本較高。