肛瘺的分類方法很多，有內口和外口分類；根據瘺管與肛門括約肌的關系；根據瘺管的形狀；根據瘺的深、淺、分支；根據病理和病因的分類，上述分類方法在臨床上均被采用。但常用的分類方法是根據瘺管的深淺和分支。現在全國都制定了統壹的分類方法，具有科學性、代表性和權威性。各種分類方法介紹如下。(壹)按內部和外部分類
1，總內外瘺:內口在肛竇內，外口在肛門外，使內外白由壹條瘺道相連。
2.內瘺:只有內口和瘺道，沒有外口。
3.外半瘺:只有外口和瘺道，沒有內口。
4.內部全瘺管。瘺管的兩個開口在牙線上，由壹個瘺管相連。這種瘺多為黏膜下瘺。
5.全外瘺:瘺的兩個開口在肛門皮膚上，由壹個瘺口相連。這種瘺多為皮下瘺。(2)根據瘺管與肛門括約肌的關系分類
1、淺表肌間瘺:內口在肛竇內，外口在肛門外，瘺從肛門外括約肌淺層與皮下層之間通過。
2.深部肌內瘺:內口在肛竇內，外口在肛門外，瘺口通過肛門外括約肌的淺、深層之間。
3.肌外瘺:內口在肛竇內，外口在肛門外，瘺從肛門外括約肌的皮下層和肛門的皮下層之間通過。
4.肌內瘺:內口在直腸黏膜上，外口在肛竇內，瘺從肛門內括約肌和直腸黏膜下層之間通過。
5.肛提肌上瘺管:內口在肛竇內，外口在肛門外，瘺管穿過肛提肌和盆直腸間隙。(三)根據瘺管的形狀分類
1，直瘺；管道是垂直的，內外端口相對，形成壹條直線。
2.彎曲瘺:管道彎曲，內外端口不相對。
3.馬蹄形瘺管
(1)前馬蹄形瘺:內口多偏向肛管前中心兩側的肛竇，外口多在肛門橫線前的會陰左右兩側。兩個區域的瘺管通道與肛門前半部周圍的內口相通。
(2)後馬蹄形瘺:內口多在肛管中部或略偏向左右肛竇，外口多在肛門橫線後方，兩側瘺道環繞肛門後半周與內口相通。(四)瘺管按深、淺、分支分類
1，低位單純性肛瘺；只有壹個瘺管，在外括約肌深度以下通過，內口在肛竇附近。
2.低位復雜性肛瘺:瘺口在外括約肌深度以下，有兩個以上外口和瘺道，內口在肛竇內。
3、高位單純性肛瘺:只有壹個瘺管，瘺管穿過括約肌深部，內口位於肛竇內。
4.高位復雜性肛瘺:有兩個以上外口且瘺管有分支，其主管穿過外括約肌深部，有壹個或多個內口。(5)按病因和病理分類。
1、非特異性肛瘺(即化膿性肛瘺):是最常見的肛瘺，壹般為大腸桿菌、葡萄球菌、鏈球菌等引起的急性感染。局部紅、腫、熱、痛明顯，膿液多呈黃色粘稠狀。
2.特異性肛瘺:可分為結核性肛瘺和放線桿菌性肛瘺。前者是結核感染，後者是放線桿菌感染。這種肛瘺局部紅、腫、熱、痛不明顯，膿液稀薄，流出時似奶酪，或混有米粒大小的均勻硫黃色腰顆粒。(六)國家統壹的分類標準
1，低位單純性肛瘺；只有壹根管子，位於肛門直腸環下方。
2.低位復雜性肛瘺:有兩個以上的管道，位於肛門直腸環下方，有兩個以上的外部或內部開口。
3.高位單純性肛瘺:只有壹根管道，穿過或位於肛管直陽環上。
4.高位復雜性肛瘺:有兩個以上的管道，位於肛門直腸環上方，有兩個以上的外部或內部開口。