(1)綠色食品產地環境標準
綠色食品產地環境標準，即《綠色食品產地環境技術條件》(NY/T391-2000，見附錄3-1)，規定了綠色食品產地環境空氣質量、農田灌溉水質、漁業水質、畜禽養殖水質、土壤環境質量的指標和濃度限值、監測和評價方法。本標準的目的是強調綠色食品必須在良好的生態環境中生產，以保證綠色食品最終產品的無汙染和安全；二是促進綠色食品產地環境的保護和改善。為確保NY/T391-2000的正確實施，2000年，中國綠色食品發展中心在《綠色食品場所環境質量評價大綱(試行)》的基礎上，重新編制了《綠色食品場所環境質量評價技術導則》。
(二)綠色食品生產技術標準，包括綠色食品生產原料使用指南和綠色食品生產操作規程。本標準是綠色食品標準體系的核心內容。其中，綠色食品生產資料使用指南包括:
綠色食品中食品添加劑使用指南(NY/T392-2000)
綠色食品中農藥使用指南(NY/T393-2000)
綠色食品肥料使用指南(NY/T394-2000)
綠色食品飼料和飼料添加劑使用指南(NY/T471-2001)
綠色食品中獸藥使用指南(NY/T472-2001)
綠色食品動物衛生標準(NY/T473-2001)
綠色食品用漁藥使用指南(NY/T755-2003)
上述指南規定了綠色食品生產中可以使用、禁止和限制使用的生產資料，為切斷生產中的汙染源，確保綠色食品產品不受汙染提供了保障。
綠色食品生產操作規程以上述標準為基礎，根據不同農業區域的作物類型、畜禽類型和生產特點制定，用於指導綠色食品生產活動，規範綠色食品生產技術的技術規定。綠色食品生產操作程序包括農產品種植、畜禽養殖、水產養殖和食品加工。早在1997，中國綠色食品發展中心就按照華南、華中、華北、華東、東北、西南、西北等七大農業區域制定了蔬菜、果樹、糧食、油料等綠色食品作物生產操作規程。
(3)綠色食品產品標準
綠色食品的產品標準是衡量綠色食品最終產品質量的指標尺度。雖然與普通食品國家標準相同，規定了食品的外觀質量、營養質量和衛生質量，但其衛生質量要求高於現行國家標準，主要表現在對農藥殘留和重金屬的檢測項目多、指標嚴，體現了綠色食品生產、管理和質量控制的先進水平，突出了綠色食品產品無汙染、安全的衛生質量。截至2002年底，中國綠色食品發展中心已制定了45項綠色食品產品標準，部分標準如下:
序列號標準名稱標準編號序列號標準名稱標準編號
1NY/T 268-1995綠色食品蘋果26NY/T 428-2000綠色食品葡萄
2NY/T 270-1995綠色食品番茄27NY/T 429-2000綠色食品黑瓜子
3NY/T 273-2002綠色食品啤酒28NY/T 430-2000綠色食品食用紅花籽油
4NY/T 274-1995綠色食品幹白葡萄酒29NY/T 431-2000綠色食品番茄醬
5NY/T 275-1995綠色食品半幹白葡萄酒30NY/T 432-2000綠色食品白葡萄酒
6NY/T 276-1995綠色食品幹紅葡萄酒31NY/T 433-2000綠色食品植物蛋白飲料
7NY/T 277-1995綠色食品半幹紅葡萄酒32NY/T 434-2000綠色食品果汁飲料
8NY/T 278-1995綠色食品幹桃紅葡萄酒33NY/T 435-2000綠色食品果蔬脆片
9NY/T 285-2003綠色食品豆類34NY/T 436-2000綠色食品果脯
10NY/T 287-1995綠色食品高級大豆食用油35NY/T 437-2000綠色食品醬菜
11NY/T 288-2002綠色食品茶葉36NY/T 654-2002綠色食品白菜蔬菜
12NY/T 289-1995綠色食品咖啡粉37NY/T 655-2002綠色食品茄果類蔬菜
13NY/T 290-1995綠色食品橙汁和濃縮橙汁38NY/T 657-2002綠色食品乳制品
14NY/T 291-1995綠色食品番石榴果汁飲料39NY/T 743-2003綠色食品綠葉蔬菜
15NY/T 292-1995綠色食品西番蓮果汁飲料40NY/T 744-2003綠色食品蔥蒜蔬菜
16NY/T 418-2000綠色食品玉米41NY/T 745-2003綠色食品根菜
17NY/T 419-2000綠色食品大米42NY/T 746-2003綠色食品白菜蔬菜
19NY/T 421-2000綠色食品小麥粉44NY/T 748-2003綠色食品豆類蔬菜
20NY/T 422-2000綠色食品白砂糖45NY/T 749-2003綠色食品食用菌
21NY/T 423-2000綠色食品鮮梨46NY/T 750-2003綠色食品熱帶亞熱帶水果
22NY/T 424-2000綠色食品鮮桃47NY/T 751-2003綠色食品食用植物油
23NY/T 425-2000綠色食品獼猴桃48NY/T 752-2003綠色食品蜂產品
24NY/T 426-2000綠色食品柑橘49NY/T 753-2003綠色食品家禽
25NY/T 427-2000綠色食品哈密瓜50NY/T 754-2003綠色食品雞蛋及蛋制品
(四)綠色食品包裝標準
《綠色食品包裝通用導則》(NY/T658-2002)規定了綠色食品包裝必須遵循的原則，包括綠色食品包裝的要求、包裝材料的選擇、包裝尺寸、包裝檢驗、抽樣、標誌和標簽、貯存和運輸等。，從而防止最終產品被汙染，防止過度包裝造成的資源浪費，有利於消費者使用和識別。詳見附錄3-8。
(五)綠色食品儲運標準
本標準規定了綠色食品儲存和運輸的條件、方法和時間，以保證綠色食品在儲存和運輸過程中不被汙染，質量不發生變化，並有利於環保和節能。
(6)其他相關標準。
綠色食品標準包括綠色食品推薦肥料標準、綠色食品推薦農藥標準、綠色食品推薦食品添加劑標準、綠色食品生產基地標準等。這類標準不是綠色食品質量控制的必要標準，而是促進質量控制和管理的輔助標準。
上述標準明確規定了綠色食品產前、產中、產後的質量控制技術和指標，既保證了綠色食品產品無汙染、安全、優質、營養的品質，又保護了產地環境，合理利用資源，實現了綠色食品的可持續生產，形成了完整、科學的綠色食品標準體系。