納豆傳入日本後，根據日本當地的情況進行開發，比如日本用醬油代替豆豉，或者用醬油代替豆豉。而且隨著禪僧從中國傳到日本寺廟，納豆最早是在寺廟裏發展起來的。比如大龍寺的納豆、大德寺的納豆、壹休納豆、大夫寺的濱明納豆、烏鎮寺的灞橋納豆，都成為了當地寺廟的著名特產。
日本人喜歡吃納豆。他們主要吃鹹納豆和刷納豆。關西人喜歡前者，關東人喜歡後者。由於發酵方式不同，拉絲納豆中有壹種黏絲，是無鹽的。
近年來，日本醫學家和生理學家研究發現，大豆的蛋白質是不溶的，但制成納豆後，就變成可溶的，並產生氨基酸，而原料中不存在的各種酶會被納豆菌和相關細菌產生，有助於胃中的消化和吸收。納豆的成分為:水分61.8%，粗蛋白19.26%，粗脂肪8.17%，碳水化合物6.09%，粗纖維2.2%，灰分1.86%。作為植物性食物，粗蛋白和脂肪是最豐富的。納豆是壹種高蛋白的營養食品。納豆中含有的酒精，食用後可消除體內部分膽固醇，分解體內酸化脂質，使異常血壓恢復正常(《物理科學雜誌》，第1994期，第1期，日本評論學會出版，第4頁)。
納豆適合日本。日本人的主食是米飯，壹般以顆粒狀食用。納豆也是顆粒狀的，讓日本人感覺親切，吃納豆有助於消化米飯，讓愛吃白米飯的日本人不易得腦血管疾病。納豆的吃法有很多。買回來的納豆裏，壹般都會附上芥末和調料。攪拌好後就可以吃了，和米飯壹起吃。也可以根據個人喜好加點蔥花和海苔。因為它的營養價值已經顯現，越來越多的人吃它。如今，由於食品加工技術的日益發達，納豆也被制成了許多不同的口味，個人可以根據自己的口味和需求選擇購買。
研究表明，納豆的保健功能主要與納豆激酶、納豆異黃酮、皂甙、維生素K2等多種功能因子有關。納豆富含皂甙元，可改善便秘、降血脂、預防大腸癌、降低膽固醇、軟化血管、預防高血壓和動脈硬化、抑制艾滋病病毒。納豆中含有遊離異黃酮和多種對人體有益的酶，如超氧化物歧化酶、過氧化氫酶、蛋白酶、澱粉酶、脂肪酶等。，可以清除體內的致癌物質，提高記憶力，保肝養顏，延緩衰老，提高食物的消化能力。攝入納豆芽孢桿菌活菌可調節腸道菌群平衡，預防痢疾、腸炎、便秘，其效果在某些方面優於常用的乳酸菌微生態制劑。納豆發酵產生的粘稠物質，包裹在胃腸粘膜表面，因此有保護胃腸道，減輕飲酒時醉酒的作用。
最新研究還表明，納豆對引起大規模食物中毒的“罪魁禍首”致病性大腸桿菌O157的發展有很強的抑制作用。這個新理論是由日本宮崎醫科大學的西山麗洋子教授發表的，他被稱為“納豆博士”。在“實驗室的實驗結果有限，但納豆能抑制大腸桿菌0157發展的原理尚未闡明”的前提下，楊航教授指出，納豆中所含的食用菌能阻礙許多菌株的繁殖，因此也應抑制大腸桿菌0157。