（1）局部治療。主要目的是消炎止痛，促進潰瘍愈合。治療方法較多，根據病情選用。
①含漱劑。0.25% 金黴素溶液，1 ∶ 5000 氯己定溶液，1 ∶ 5000高錳酸鉀溶液，1 ∶ 5000 呋喃西林溶液等。
②含片。杜米芬含片，溶菌酶含片，氯己定含片。
③散劑。冰硼散、錫類散、青黛散、養陰生肌散、黃連散等是中醫傳統治療口腔潰瘍的主要藥物，此外，復方倍他米松撒布亦有消炎止痛促進潰瘍愈合作用。
④ 藥膜。其基質中含有抗生素及可的松等藥物，用時先將潰瘍處擦幹，剪下與病變面積大小相近的藥膜貼於潰瘍上，有減輕疼痛、保護潰瘍面促進愈合的作用。
⑤ 止痛劑。如0.5% ～ 1% 普魯卡因液，0.5% ～ 1% 達克羅寧液，0.5% ～ 1% 丁卡因液，用時塗於潰瘍面上連續2 次，用於進食前暫時止痛。
⑥燒灼法。適用於潰瘍數目少面積小且間歇期長者。方法是先用2% 丁卡因表面麻醉後，隔濕擦幹潰瘍面，用壹面積小於潰瘍面的小棉球蘸上10% 硝酸銀液或50% 三氮醋酸酊或碘酚液放於潰瘍面上，至表面發白為度，這些藥物可使潰瘍面上蛋白質沈澱而形成薄膜，保護潰瘍面促進愈合。操作時，應註意藥液不能蘸得太多，不能燒灼鄰近健康組織。
⑦局部封閉。適用於腺周口瘡。以2.5% 醋酸潑尼龍混懸液0.5 ～ 1ml 加入1% 普魯卡因液1ml，註射於潰瘍下部組織內，每周1 ～ 2次，***用2 ～ 4 次，有加速潰瘍愈合作用。
⑧激光治療。用氦氖激光照射，可使黏膜再生過程活躍、炎癥反應下降、促進愈合，治療時照射時間為30 秒～ 5 分鐘，壹次照射不宜多於5 個病損。
（2）全身治療。因病因尚不清楚，治療效果不夠理想。
①免疫抑制劑。目前認為，本病與自身免疫性疾病有關。近年來，試用免疫抑制劑治療部分病例有壹定效果。若能經檢查確定為自身免疫性疾病，采用免疫抑制劑則有明顯療效。常用藥物為腎上腺皮質激素：潑尼松每片5mg，地塞米松每片0.75mg，每日3 ～ 4 次，每次1 片，5 天後病情控制則減量，每日減5 ～ 10mg，總療程為7 ～ 10天後停藥。如療程長，為防止感染擴散應加用抗生素。對嚴重白塞綜合征，可住院後給予氫化可的松100mg，或地塞米松5mg 和四環素1g 加入5% ～ 10% 葡萄糖液中，靜脈滴註，病情好轉後逐步減量。
對有胃潰瘍、糖尿病活動期肺結核的患者應禁用或慎用。
②免疫調節劑和增加劑。
左旋咪唑：用於需增強細胞免疫作用者。成人每日3 次，每次50mg，連服2 日，停藥5 日，2 ～ 3 個月為壹療程。常見的副作用有頭痛、疲乏、關節酸痛等，少數病例可發生粒細胞減少，在治療過程中應定期做血常規檢查。
丙種球蛋白：適用於體液免疫功能減退者。在潰瘍急性期時肌內註射1 支（3ml），必要時1 周後可再註射3ml，不宜長期使用，因使用過多反造成人體免疫反應的抑制，稱反饋抑制。
轉移因子：可將免疫功能轉移給無免疫力的機體，以恢復其免疫功能。適用於細胞免疫功能降低或缺陷者。1ml 內含5×109 白細胞提取物，註射於淋巴回流豐富的部位，如腋下或腹股溝處之皮下每次1ml，每周1 ～ 2 次，10 次為壹療程，壹般用壹療程即可。
維生素：維生素類藥物可維持正常的代謝功能，促進病損愈合，在潰瘍發作時給予維生素C 0.1 ～ 0.2g，每日3 次，復合維生素B 每次1 片，每日3 次。
女性激素：女性發病與月經周期有關者，可慎用雌激素己烯雌酚0.1mg，每晚服1 次，自月經後5 天起連服20 天。
微量元素：有血清鋅含量降低者。補鋅後病情有好轉，可用1%硫酸鋅糖漿，每次10ml，每日3 次；或硫酸鋅片，每片0.1g，每次1 片，每日3 次。維酶素為核黃素衍生物，含有人體所必需的多種維生素、氨基酸、微量元素及壹些輔酶，對有胃腸道疾病患者有壹定效果，可促進潰瘍愈合，每次1g，每日3 次，無副作用可較長期服用。
中醫辨證治療：陰虛火旺者治宜滋陰清熱，加用六味地黃丸、壹貫煎、甘露飲等方劑加減，脾胃伏火者治宜清胃降火，如用清胃散、涼膈散等加減，亦可應用活血化瘀類藥物，如復方丹參片等可改善病情。