土司制度始於元朝，由唐宋時期的羈縻制度演變而來，特點是?世官、世土、世民?，擁有世襲的政治統治權。
土司是我國歷史上壹種比較特殊的存在。
壹方面，他們臣服於中央王朝，定期朝貢，接受朝廷的任命，遇有戰事，土司有出兵的義務。
另壹方面，土司們保持高度自主，壹切地方事務均由他們自己管理，職位世襲，有自己的軍隊，相當於自己領地裏的土皇帝。
在王朝強盛時，土司平衡著朝廷和當地民族的利益，土司兵為國出力，是官軍的重要力量，廣西的狼兵，四川的白桿兵，都是明朝著名的土司兵。
在王朝衰弱時，土司制度的弊端就顯現出來。中央對他們掌控能力不足，土司們的獨立性和割據性立刻表現出來。
在西南地區，湘西、鄂西和川東曾是清朝與南明長期拉鋸交戰的地方，兩軍曾在這壹線相持十年以上之久，局勢未明朗之際，這些地方土司們如何選擇，比較具有代表性。
湘西土司
湘西諸土司最早歸附清朝，在1647年（順治四年，永歷元年），湘西實力最強的永順、保靖、桑植三大宣慰司就先後投效。
歸附後，湘西土司忠於清朝，立即與南明督師何騰蛟麾下的明軍王進才、馬進忠部交戰。永順土司彭宏澎派子侄帶千余名弩手從後方突襲明軍大營，放火焚燒，逼退明軍。
在清軍與明軍此後在湖南長達十幾年的拉鋸與相持中，湘西土司始終站在了清朝壹方。與明軍聯合的忠貞營首領?李自成的妻弟高壹功就是在順治十壹年途徑保靖時，遭到保靖土司彭朝柱襲擊，中毒箭而死。
鄂西土司
鄂西比湘西要遠離前線，在順治三年清軍就已全面占領湖北，與湘西土司相比，鄂西土司卻沒那麽支持清朝。
最早歸附清朝的是容美土司，時間是順治十二年。其他土司多半到順治末期-康熙初期才宣布投效，接受清朝官印。
即使最早投清的容美土司，也無法有效號令自己統轄的小土司，反而不斷有小土司尋找機會反攻榮美，上演壹場場以小攻大的好戲。
川東土司
川東土司的選擇又與湘西、鄂西土司不同，他們大多都是據險自守，與明和清都保持距離但偏向明朝。
順治十六年，清軍三路進攻雲南的時候，眼看永歷軍隊節節敗退，川東土司還是響應大學士文安之的號令，聯合夔東十三家反攻重慶，試圖牽制吳三桂，減輕雲南的壓力。
直到永歷逃亡緬甸，形勢已難以挽回後，川東土司才歸附清朝。
各地土司的不同政治選擇，取決於兩個方面：家族利益和文化認同。
家族利益
南明督師何騰蛟駐節長沙，占領湖廣大部，兵力主要集中在湖南，手下楚軍最多時號稱八十萬，就算水分不少，幾十萬人也是有的。
不久李自成的大順軍余部兩路人馬又進入湖廣，此後被隆武帝收編為忠貞營，湖廣又增加二十多萬軍隊。
湖廣已久經戰亂，以壹省之力哪裏供養得起這麽多軍隊，南明朝廷又壹個個被接連消滅，自保尚且不暇，哪還有多余的錢糧來撥款。
在亂世中，通用的辦法是劫掠，從古到今長盛不衰。
大順軍余部又有?流賊?基因，在土司中名聲不是太好，更受抵制，永順土司彭宏澎進攻的王進才、馬進忠就是原來的大順軍將領。
明軍劫掠地方維持生計，眾土司也不能幸免，壹度明軍兵力最多的湖廣深受其害，清軍壹到，湘西土司立即歸附，並掉轉槍口與明軍作戰，多半是出於受害者心理。
鄂西土司的情況比較復雜，他們受到多方力量影響。
湖北被清朝控制早於湖南，沒有成建制的明軍存在。鄂西歸附時間較晚的原因之壹，首先是因為它也同樣被劫掠，不是被明軍，而是被清軍。
順治初期，清朝要派出多路大軍在南北作戰，又要接收安置投降的明軍，糧餉同樣困難，縱兵劫掠也是籌措糧餉的辦法，這與明軍並無二致。
但清朝的優勢是打了勝仗，隨著占領區的擴大和穩定，後方逐漸能供應上糧餉。
同時清朝朝廷認識到自己本來不受民心支持，再縱兵劫掠相當於自掘墳墓，只有穩定民心、恢復生產才是王道。
所以很快調整了做法，約束將領，以?通融支用?的辦法東拼西湊，先保證軍隊的糧餉供應，並且在湖廣恢復秩序、發展經濟。
清朝還有個優勢是政令統壹，執行力強，這點比軍閥擁兵自重，內鬥頻繁的南明各朝廷要強太多，這是制度的優勢，就算南明想抄作業，也是做不到的。
即使如此，最早歸附的容美土司也要到順治十二年才歸附，這裏面還有軍事上的影響?夔東十三家。
夔東十三家就是忠貞營，遭到排擠後退往四川湖廣交界地帶聯合抗清，以茅麓山為基地活躍於川鄂邊區。
夔東十三家雖然堅決抗清，卻有個尷尬的事實：他們軍紀不強。
進入夔東後，既沒有永歷的官員約束，也沒有原來李自成這樣強有力的首領約束，十三家的軍紀確實是個問題，劫掠地方以供給部隊也並不少見。