三大方面:
1.樣本處理問題。樣品純度差，運行DNA電泳時有雜質蛋白汙染(如果使用瓊脂糖，可以在紫外光下檢查樣品孔內是否有白亮團)；在加載之前，樣品已經被降解(拖尾)到壹定程度。
2.試劑問題。凝膠要配好(盡量使用新鮮的試劑，新鮮配制後電泳)，凝膠的濃度要到位。