可可粉中嘌呤等物質含量高。長期大量食用可可粉，可能會增加體內的嘌呤含量，從而增加痛風的概率。同樣，可可粉脂肪含量高，如果長期大量攝入，可能會增加患高血脂的風險。
可可粉中的生物堿可以產生興奮作用，對於神經緊張的人來說，可能會引起神經緊張。