身體長而扁平，成魚的身體左右不對稱，眼睛只長在身體的壹側，具有魚類特有的不對稱結構。
新生比目魚的體型與正常魚類相同，頭部兩側有兩只眼睛，腹部線上有壹張嘴。幼魚長大後，壹只眼睛逐漸移向頭頂直至另壹側，嘴巴逐漸扭曲直至成年比目魚永久躺在海底的壹側！
在大多數比目魚種類中，雌雄之間沒有明顯的差異。