瓊脂糖是壹種線性聚合物，其基本結構是1，3-連接的β-D-半乳糖和1，4-連接的3，6-內醚-L-半乳糖的長鏈。瓊脂果膠是許多小分子的異質混合物。瓊脂糖壹般加熱到90℃以上溶於水，當溫度降至35-40℃時，形成良好的半固體凝膠，這是其各種用途的主要特征和基礎。瓊脂糖凝膠的性能通常用凝膠強度來表示。強度越高，凝膠性能越好。