在售價上，兩種鰻魚各有優勢，花鰻雖然價格相對低，但也有自己的購買群體。
從苗種上考量，日本鰻種苗稀缺，而花鰻苗種較為豐富，苗價也較低。從飼料成本上考量，兩者價格差距不大，花鰻飼料略為便宜。綜合考量花鰻的性價比更高壹些。