1，性質不同。據中國農業網查詢，黑珍珠番茄原產南美，在光合作用下自然形成；糖水番茄是以番茄和糖為主要原料的壹道菜，兩者性質不同。
2.不同的顏色。黑珍珠番茄在其未成熟的果實中含有大量的花青素，呈黑色，命名為“黑珍珠”，而糖水番茄是番茄味原料，有紅、白兩種顏色，兩種顏色不同。