比如胃蛋白酶催化酸性氨基酸羧基端的肽鍵分解，胰蛋白酶催化堿性氨基酸羧基端的肽鍵分解，羧肽酶從羧基端壹個壹個切割氨基酸，氨肽酶從氨基端切割氨基酸。
沒有蛋白質具有相同的空間結構，但是壹種蛋白酶可以分解多種蛋白質。