1、主要作用不同：阿爾法澱粉酶，主要作用是水解澱粉，生成麥芽糖、麥芽三糖及糊精，而貝塔澱粉酶，主要作用是水解澱粉，生成麥芽糖。
2、使用範圍不同：阿爾法澱粉酶廣泛用於烘焙糕點、饅頭、面包等食品的加工制作中，而貝塔澱粉酶多用於制作面包中。