B、制作饅頭或面包所用的發酵粉中含有的微生物不是曲黴，B錯誤．
C、制作饅頭或面包所用的發酵粉中含有的微生物不是乳酸菌，C錯誤．
D、制作饅頭或面包所用的發酵粉中含有的微生物是酵母菌，D正確．
故選：D