剛進入遊戲，必須先選擇好主人公男女性別，如果妳是選擇的男，那麽妳的對手（也就是博士的孩子）就會是女，反之亦然。然後取好妳喜歡的名字，就開始遊戲了。
遊戲壹開始，主角在壹輛卡車裏，原來是剛搬家到這裏，進家以後先上二樓，對著墻上的鐘設定時間，由於遊戲是采用的真實時間制，所以建議大家還是按照現實的時間來設定，沒帶表的時候看看時間也不錯。
設好了後媽媽會讓妳去鎮裏逛逛，和新鄰居們打打招呼，來到右邊屋的二樓，會見到主角以後的對手，然後出門往下，就會看到博士的研究所，進去發現博士不在，出門後發現上面有動靜，上去後發現博士正被壹只ポチエナ追趕，地上放著壹只博士的背包，博士看見主角趕到，叫主角從背包裏拿出壹只妖怪來打倒ポチエナ，三只妖怪的屬性分別是草，火， 水，進化後火的屬性會變為火和格鬥，水的屬性會變為水，地，草系不變。主角挑選了壹只，輕而易舉的打倒了敵人。救了博士隨他壹起回到了研究所，博士為了感謝把剛才挑選的那只妖怪送給了主角，並拜托主角去103號道路把他的孩子叫回研究所。
出了研究所往上走，來到了コトキタウン鎮，在這裏可以補充壹下體力，與商店門口的人對話還會得到傷藥。補充好體力後向上走，來到了103號道路，博士的孩子果然在草叢裏，上前與他對話，但他為了看看主角的實力執意要與主角決鬥，於是戰鬥開始。博士的孩子手中的妖怪屬性是克制我方選擇的那只妖怪的，不過好在現在等級都低，並沒有本屬性的攻擊技能，所以也是只稍微費了點力就打敗了對手，對手戰敗後只得聽從主角的話，回研究所去了。
回到研究所，對手已經在那裏了，博士為了感謝主角，贈送了壹臺圖鑒給主角，而對手也為了感謝主角帶信，也贈送了主角5個精靈球，現在就可以捉妖怪了。
出了研究所來到家門口，發現母親在門口，與她對話會獲得加速鞋（按住B鍵移動速度會變為正常的2倍），然後就可以正式開始冒險了。到了コトキタウン鎮往左走，通過102號道路來到了トウカシティ鎮，路上有不少的訓練員，可以趁此機會練練級。トウカシティ鎮是第壹個有GYM會館的城鎮，不過這裏的首領卻說主角是新手，等主角得到4個徽章後再來挑戰，並派了壹個小毛孩教主角如果捉妖怪（汗~~）教完後出鎮往上走，會遇見水之團（紅寶石則是熔巖團，後面以此類推）的人，兩句不和對方向主角發起了攻擊，不過他的妖怪實在是太菜，很容易就解決掉了，解決後水之團的人逃跑了，問壹下旁邊的人他會送妳壹個超級球，在現階段算是比較高級的道具了。
往上走通過壹座橋到了カナズミティ市，在這裏記得仔細調查壹下民居，有壹位老人會送給主角1號秘傳機器いあいぎり（居合斬），在市裏的學校老師還會送給主角先行攻擊的道具。都得到後來到了這個市的會館，這個會館是巖石系的，開始選擇妖怪如果是水和草就只需要練到會本系的招數就可以通過了，如果是選擇的火系的妖怪就必須練到第壹次進化，進化後學到格鬥系的招數，不但不被克了還反克了巖石系，輕松的就過了。打過後會館首領會送主角39號技巧機器（巖石封印）和巖石徽章，有了巖石徽章就可以在平時使用居合斬來砍樹了
過了會館後往右上走，會發現水之團的人把壹位老人的愛寵偷走了，老人正在追著水之團的人，往右追了壹會看到壹個山洞，進去打敗了水之團的人，救出了老人的寵物，水之團的人還把壹件偷來的道具也給了主角。拿著道具出了山洞會有人帶妳到了カナズミティ市的壹座房子裏，失主為了感謝主角就送給了主角壹個口袋工具，還送給了主角壹個超級球，不過也要主角幫個忙，就是幫他們送壹封信。往下走正要走出カナズミティ市的時候碰到了對手，他告訴主角剛才有壹位老人和壹只寵物往下走了，主角繼續往下走來到了老人的家，老人為了感謝答應送主角到河道對面，於是乘著老人的船來到了ムロタウン鎮。
來到了ムロタウン鎮後發現這裏有會館，於是就進去挑戰了，這裏的會館是格鬥系的，如果有飛系的妖怪或者招數將會很輕松，如果沒有就有點難度了，因為大部分的敵人攻擊都挺高的。打敗了首領後它會送妳08號技巧機器（補強）和格鬥徽章，有了格鬥徽章就能在平時使用閃光來照明了。出了會館往上會來到個壹個山洞，在裏面會得到05號秘傳機器（閃光），並且找到了カナズミティ市委托妳找的人，對方會送給主角47號技巧機器（鋼之翼），然後便消失了。
到碼頭再問下老人，選第二項便船便會開到了カイナシティ市，進入城市後發現有許多水之團的人聚集在博物館門口，現在進不去，於是就先到了右下方的船工廠與裏面的人對話，對話完後出來發現博物館門口的人沒有了，於是就進去看看，進去後買了50元的票後與第壹個水之團的人對手，他會送給妳46號技巧機器（偷竊），然後到二樓，到二樓後會發現水之團的人來偷東西，於是戰鬥開始，解決後水之團的人全體逃跑了。這時出門往上走，會發現先堵在上面的水之團成員也消失了，於是往上面進發，在上面會看到壹個忍者的小屋，裏面有不少好道具。得完後出門往右走，又會遇到對手，這次他並不和主角開戰，而是送給了主角壹個寶物探測器，可以發現隱藏的寶物。繼續往上來到了キンセツシティ鎮，在鎮上商店的右邊民居裏會得到06號秘傳機器（碎巖）。再到鎮上的自行車店，會得到自行車，自行車有兩種，壹種是按著B鍵可以跳的，壹種是如果不撞到東西就會跑的飛快的，不過建議還是用可以跳的那種，因為後面有些地方必須要這種自行車才能跳過。
選擇好自行車後來到了鎮上會館，門口站著先在トウカシティ鎮教主角捉妖怪的哪個人，他要與主角決鬥，不過不壹會就敗下陣來了。打敗他後進入會館，這個會館以電系的居多，所以使用地系招數比較好。打敗首領後得到了34號技巧機器（電擊炮）並且也得到了徽章，有了這個徽章就可以在平時使用碎巖了。
打完會館後向上面走，途中112號道路有沙漠，現在還不能進去，於是往左走，上了壹個階梯之後發現水之團的人在纜車站的門口守著，現在也進不去，繼續往左過了壹個山洞，來到113號道路，這裏飄著大雪，再往左走就來到了ハジツゲタウン鎮，在鎮上補給壹下後往左走，會來到壹個山洞，山洞裏熔巖團和水之團正準備火拼，不過看到主角來了後卻都散了。等他們走後繼續往下走，會發現又回到了カナズミティ市，然後去原來解救那位老人寵物的哪個山洞，會發現裏面有兩個人，不過他們被巖石隔開了，這時用碎巖技能打碎石頭，那個男的就會送給主角04號秘傳機器（怪力）。
然後會到纜車站，會發現沒有人攔路了，於是坐纜車上行，會看到熔巖團的人和水之團的人正在大火拼，往左上走點會和水之團的首領發生戰鬥，打贏後熔巖團的人會向主角道謝，然後兩個團的人都走了。然後調查地上的裝置，得到隕石。
得到隕石後往下走，發現剛才被擋住的路現在通了，於是就往下前進，這裏的樓梯只有用自行車的跳躍方式才能向上，多跳幾次得完了道具後便來到了フエンタウン鎮，這裏的是個溫泉勝地，與溫泉前面的老奶奶對話她會送給妳壹個蛋，孵出來會是LV5的小忍耐獸。補充下道具後就往會館前進了，這裏的會館是火系的，到現在大家應該會有壹只水系的妖怪吧，用水系或者地系來打都非常有效。打敗首領後她會送妳50號技巧機器（燃燒殆盡）這招是火系招數，威力有140，不過使用後自己的特攻會下降壹級，不適合經常用；並且還得到了火系的徽章，可以在平時使用怪力術了。
這時已經湊齊了4個徽章，就可以回到トウカシティ鎮了，到了鎮上的會館，通過壹層壹層的門來到了會館首領的面前，打敗它後會得到徽章，有了這個徽章就可以使用乘浪了。出會館門後去會館左邊的房子，裏面的人會給主角03號秘傳機器（乘浪）。
來到キンセツシティ鎮，在往邊走壹直走到河邊，然後使用乘浪來到119號道路，在119號道路的最上方有壹座大廈，裏面的科學家正被水之團的人劫持，主角見義勇為的打倒了壞人，水之團又再壹次落敗了，科學家為了感謝主角，送了壹只25級的ポワルン給主角。
解決完後往右走來到了ヒワマキツティ鎮，但這裏的會館不知怎麽的進不去，被什麽無形的東西擋住了，沒辦法，只好繼續往下走。往下走遇到了對手，再壹次打敗他後得到了2號秘傳機器（飛天），繼續下行，在橋上遇到了壹個人，他給了主角噴霧劑，能使擋路的變色龍恢復本來的樣子，拿著這個道具再回到ヒワマキツティ鎮的會館，使用這個道具，擋路的變色龍便會現出原形了（最好是收了，變色龍沒野生的）進去後打敗了會館首領，並取得了徽章，有了這個徽章就能在平時使用飛天了，再也不用辛辛苦苦到處跑東跑西了。
通過了120，121道路到達了ミナモシティ市，這裏有最大的百貨大樓，在這裏補充好道具，收集好情報後然後到122號道路中央的小島上，先在島的內部得完所有的道具，然後再到外部去解救被水之團包圍的壹對老夫婦，擊退水之團後老夫婦會送給主角壹件道具。
然後到カナズミティ市的碼頭，會發現潛水艇被水之團盜走了，於是主角追到了ミナモシティ市右邊海灘的上方，發現了水之團的基地，當追到最底部時發現潛水艇已經開走了……（註意在基地裏可以得到大師球，壹定要仔細找，是4個球放在壹起的，其中兩個是頑皮彈）
主角通過127，128號水道來到了トクサネシティ鎮，在這裏有第七個會館，這個會館是超人系的，會館的首領是雙胞胎，所以與首領對戰的方式也是2V2，在開戰前壹定要把第二只妖怪設定好。在解決他們後會得到超人系徽章，並且可以在平時使用潛水了。出道館後在鎮的左上方民居裏會得到08號秘傳機器（潛水）
然後到127號，128號水道，看見是深藍色的區域就使用潛水，如果是潛到了ルネシティ鎮就記住位置，先不進去，直到潛到進入壹個山洞後有個潛水艇的地方就對了，進去後裏面回遊大量的水之團成員，壹路打倒不少人後來到最裏面，會發現水之團的首領（藍寶石）或是熔巖團的首領（紅寶石）和傳說中的神獸，紅寶石則是グラードン，藍寶石則是カイオーガ。但因為神獸發怒將整個海底山洞破壞了，神獸也不知去向，而且天空中也下起了大雨（藍寶石版是下雨，紅寶石版是刮沙塵暴）
隨後趕到ルネシティ鎮，會發現神獸逃到了鎮裏的山洞裏，在山洞中隨便還拿到了07號秘傳機器（攀瀑布），最後到了洞的最深處，與神獸交戰，大戰壹場後終於將它收入球中，這時大陸上的天氣也恢復了正常。
出山洞後鎮上的會館也開門了，進去解決掉最後壹個會館，相信有神獸的力量應該是非常簡單的吧~~。打敗首領後得到了最後壹個徽章，並且攀瀑布也能在平時使用了。
最後到128號水道，使用攀瀑布サイュウシティ鎮，通過冠軍之路來到了四大天王這裏，這次的四大天王實力不凡，等級高不說能力都十分的強，第壹次打之前壹定要做好充足的準備，在打完四大天王後會和上屆的冠軍交手，結果沒想到竟然是屢次給主角幫助的人（就是給主角噴霧劑，有時還給秘傳機器那人）打敗他後主角成為新的冠軍，並且把自己的隊伍存入電腦，做為紀念（老套，每代都是這樣~）
在看完通關畫面進入遊戲，在主角家裏會得到壹張船票，不過這張船票並不能到前作的世界，而是只能在カナズミティ市，ミナモシティ市，バトルタワ壹著3個地方來回通行，バトルタワ壹是通關之後有的新地方，就和水晶裏的戰鬥塔是壹樣的，可以用自己LV50或者是LV100以下這兩中等級的妖怪與電腦對戰，也算壹點小安慰吧。
金手指（VBA）
送給大家壹組根據上面的VBA金手指抓超夢的代碼（模擬器的），大家可以根據下面的金手指更換精靈代碼即可抓其它精靈：
[抓超夢金手指]：
020285EB:01
020285E4:05 (備註：LV5)
02038FFB:10 (備註：101路)
020285E1:00 （備註：抓舊版精靈）
020285E0:96 （備註：96是超夢代碼）
使用方法：
VBA模擬器選：“金手指”－“金手指列表”－“代碼”－輸入上面的金手指碼後“確定”即可。
有好多人在找GBA的金手指開機碼，我從論壇的其它帖子裏找了幾個，方便大家查找。
紅藍寶石GBA金手指開機碼
藍寶石:
6E93895C C2679628
03514D3E 7157DA35
紅寶石:
6E93895C C2679628
02BD3075 C9E2B4CE
這些是日本PAR用的MASTER CODE，看能不能用
Sagame 金手指第三代開機碼....
Pokemon Sapphire X-code = A61B1A50 D9504D4B 1A508E10
Pokemon Ruby X-code = 96C31A50 80744D4B 1A50D734
X-TA的MASTER CODE
藍寶石:
99F5100AB7EA
C303CBA1D221
821FC23D130A
紅寶石:
9F1121D5EEA9
8B3F5A1B0D11
8660E56F20C5
快速升級
0202494c 0063 99經驗
0202494c 6363 25443經驗
0202494C 270F 9999經驗
妳的首只妖怪將在戰鬥後升級
如果妳想停止升級，關閉金手指
99個大使球
02025A94 0001
02025A96 0063
無地雷（訓練家還是要打的）
02026816 00c8
無限金錢
02025924 423f
02025926 000f
無限hp
02024808 00FF
無限pp
02024804 6363
02024806 6363
訓練機
1st slot-02025AD4: 02025AD6:0063
2nd slot-02025AD8: 02025ADA:0063
3rd slot-02025ADC: 02025ADE:0063
4th slot-02025AE0: 02025AE2:0063
5th slot-02025AE4: 02025AE6:0063
6th slot-02025AE8: 02025AEA:0063
7th slot-02025AEC: 02025AEE:0063
8th slot-02025AF0: 02025AF2:0063
9th slot-02025AF4: 02025AF6:0063
10th slot-02025AF8: 02025AFA:0063
TM/HM 代碼
0121 - TM01
0122 - TM02
0123 - TM03
0124 - TM04
0125 - TM05
0126 - TM06
0127 - TM07
0128 - TM08
0129 - TM09
012A - TM10
012B - TM11
012C - TM12
012D - TM13
012E - TM14
012F - TM15
0130 - TM16
0131 - TM17
0132 - TM18
0133 - TM19
0134 - TM20
類推
0152 - TM50
0153 - HM01 砍
0154 - HM02 飛
0155 - HM03 沖浪
0156 - HM04 怪力
0157 - HM05 閃光
0158 - HM06 碎石
0159 - HM07 瀑布
015A - HM08 潛水
ID No. 02024C0E xxxx
遊戲時間
時 02024C12 0xxx
分 02024C14 xx
通訊對戰
勝利次數 02026A30 xxxx
敗北次數 02026A34 xxxx
第壹次通關時間
時 020269DA 0xxx
分 020269D9 xx
秒 020269D8 xx
ポケモン交換次數 02026A28 xxxx
戰鬥塔
連勝次數 02025174 xxxx
連勝人數 02025176 xxxx
敵方第壹只ポケモン
LV 03004544 xx
當前HP 03004546 0xxx
最大HP 03004548 0xxx
攻撃 0300454A 0xxx
防禦 0300454C 0xxx
速度 0300454E 0xxx
特功 03004550 0xxx
特防 03004552 0xxx
戰鬥後得到的經驗值 0202494C xxxx
糖果機(1P)(間隔+6h)
◎的數目999個 020180F4 03E7
○的數目999個 020180F6 03E7
×的數目000個 020180F8 0000
轉速MAX 02018051 FF
狩獵區
狩獵球數目 02038504 xx
剩余歩數 02038506 xxxx
遊戲弊MAX 02025928 270F
火山灰MAX 02026864 1F40
噴霧劑剩余歩數 02026816 xxxx
購物不減金錢 0203839C 0000
選美表演階段得分MAX 020192B8 0200
訓練員卡的星數 02000002 xx
改變xx的值則可改變妳的TRAINER
CARD上的星星數(在查看主角壯態時名字右邊可看到),可以發現當星數為5或以上時畫面會變花,這說明最大星數為4.這個代碼只是改變主角的星數顯示而已,關掉就會回復現狀.
第1個徽章取得(即020267B4:B0)
第2個徽章取得(即020267B5:01)
第3個徽章取得(即020267B5:03)
第4個徽章取得(即020267B5:07)
第5個徽章取得(即020267B5:0F)
第6個徽章取得(即020267B5:1F)
第7個徽章取得(即020267B5:3F)
第8個徽章取得(即020267B5:7F)
解除秘密基地最多可放16個家具的限制
02026EAE 00
用飛天技能可去的地點全部選擇可能
020267B6 7FFF
觸發南之孤島事件 020267BE FFFF
單用這個還不能去南之孤島,還必須妳身上持有夢幻船票(むげんのチケット),把重要道具的第壹個變成夢幻船票的金手指是02025A44:00010113.之後便可從ミナモシティ坐船去南之孤島,並在島上遇到LV50的另壹只水都,他/她的身上持有心之水滴(こころのしずく).註意正常情況下只能去壹次.
能再次與紅/藍神獸戰鬥 0202690A 00
令193,194,195號三個機器人所在洞穴的洞口打開
020266D0 DF
令193,194,195號三個機器人再次出現
02026728 EC5E
令在トクサネシティ左上方ダイゴ家中
裝有No.190ダンバル的精靈球再次出現
0202672D FE
水都再現 020285EB 01
令空之柱頂層再次出現200號
02026714 CF
コンテスト制霸(拿到選美星)
02028399:01
020283B9:01
020283D9:01
020283F9:01
02028419:01
拿到戰鬥塔星(50連勝)
02025164:32
02025174:32
02025176:32
02025178:32
令放進飼養屋的PM變100級
C3BEDD2C51438A82
遇敵閃光代碼
CA5CC8F9883776E0
快速孵蛋 ：壹步等於255步，很快就能生出來
D7A2E4639F64ABFA
直接到南島
2256EF8A 97D73776
947888CC E26B0808
9CB31DB1 50FCBA81
無限抓水都
BF4F2D11 A2E9B90F
BDC0BB26 F0129BD3
特殊技能可刪除
960CBF3C 14553BAE
用Game shark打下列金手指：
6E93895CC2679628
03514D3E7157DA35
38115992DF7558D1
AA4067044B6D93A4
就再去遇訓練家，他第壹只怪只剩1Hp
精靈可以學習所有技能
For TM 01-32:
C56BA42637139DA6
For TM 33-50 and all HMs:
22458540FD970BAA
386圖鑒 4EC15694B93783B4
410DF50B39B4BE8C
151ACE56E4F0AE2E
關閉386圖鑒
683220A2066178EF
4715BE1BA87C7DC4
DF7565F9DA1F93E6
所有徽章
116ABADD EF83A840
精靈總是女的
B917F77E0FD658EB
精靈總是男的
3537AAD42B010F73
幻島金手指: E4306434411C4350
打完這金手指,然後捉任何壹只精靈,放進妳的隊伍,到130-131水道,妳便看見幻島
走遍地方金手指:159C68F460CC8A5A
打完這金手指,在哪裏走都可以
輸入030042E0:00後異常狀態會消失
直接獲得圖鑒和主菜單(在vba的game shark中輸入)
116ABADDEF83A840
不閃光母怪獸金手指
73920119C3730B41
不閃光公怪獸金手指
5BF2502185F53713
閃光母怪獸金手指
F3824A49184EF695
閃光公怪獸金手指
646A63A523E7E568
敵方怪物級別(練級用)
level-01=02024862,01
level-10=02024862,0A
level-20=02024862,14
level-30=02024862,1E
level-40=02024862,28
level-50=02024862,32
level-60=02024862,3C
level-70=02024862,46
level-80=02024862,50
level-90=02024862,5A
level-99=02024862,63