(1)雙孢蘑菇
灰色，菌絲清晰，略帶藍色，生長旺盛，呈扇形生長，但無扇形變異，絨毛菌絲多而整齊，氣生菌絲白色，基質菌絲淺灰色。氣生品種氣生菌絲旺盛，菌絲前端呈扇形；匍匐品種的菌絲呈細線狀分布，上下均勻，無快速生長的扇形變異和黃白色厚被。在23℃恒溫培養條件下，原750 ml菌種瓶25 ~ 30天就滿了。栽培的種子應提前5天左右裝滿。糧食種子的菌絲厚而白，粗而厚，遇高溫微黃，上下均勻。細菌的適宜年齡為糞草地50 ~ 55天，麥粒栽培50 ~ 60天，稻草栽培30 ~ 40天。
培養基中的菌絲已變成細線或粗繩狀，呈黃白色，菌絲萎縮，無法生長，或生長時形成細菌，所以培養基潮濕或菌種陳舊；燒瓶上部的菌絲幹枯，但下部的菌絲生長良好，這是因為培養基太幹燥，如果生長不均勻，培養溫度太高，說明麥粒的浸泡和預煮時間不夠；如果菌絲在生長過程中逐漸變黃，說明培養溫度過高。高溫(25℃以上)培養的菌種不易食用，使用時生長緩慢。
(2)平菇
菌絲白、密、厚、鮮、嫩，菌絲生長邊緣整齊。多數品種在培養基上表面形成蓬松的氣生菌絲，低溫品種的氣生菌絲常分泌黃色或黃褐色色素，尤其在高溫季節，低溫品種常出現“黃芽”，分泌黃色至黃褐色水滴，屬正常現象。分解後的鋸末和稭稈變成白色至淡黃色，有濃郁的香味。後期有小菇蕾，菌齡20 ~ 25天。不合格品斜面上出現原基，菌絲稀疏無力或成束生長，導致發育不均勻。菌絲形成“菌衣”，凹凸不平，皺縮，與瓶壁分離，底部有液體積聚。經過壹段時間的生長，它停止生長，有腐臭的味道，並在基質中有雜色的標記。
(3)香菇
菌絲白色，舒展均勻，生長邊緣整齊，形狀蓬松，生長速度快，不易產生真菌。在常規木屑和麥麩培養基上，恒溫25℃，日生長量約為65438±0.0毫米，原種750毫升，壹般40 ~ 45天就會飽滿。在添加壹定比例玉米粉的木屑培養基上，菌絲更密、更白，生長期可縮短3天左右。氣生菌絲在各種相對富集的培養基上均有不同程度的增加。在高(30℃或更高)的培養溫室中，培養基中菌絲稀疏，表面容易出現醬油色分泌物。這些分泌物常由無色透明變為黃色至棕色，其顏色深淺與品種有關。
受光照和低溫刺激，香菇菌株表面或近壁處常有菌絲聚集頭，是品種短、易出菇的標誌。生長良好的原種和栽培種都有濃郁的蘑菇風味。木屑培養基在生長後期會產生褐色生物膜並分泌少量液體，菌絲生長壹定時間後形成子實體。如果菌絲長得細，分布不均勻，黃色，厚的“菌蓋”上有斑點或抑制線；底物幹縮，與瓶壁分離，產生褐色菌衣，瓶底有黃水沈積，無蘑菇味，說明菌種已開始老化。如果瓶子裏還有壹些木屑顆粒沒有變黃，說明培養時間不足；菌絲生長的木屑變色程度可以說明細菌分解木屑的能力和水的幹濕程度。菌絲從瓶子裏拿出來，潮濕培養，恢復快是正常的，否則說明菌種劣質。
④金針菇
菌絲白色，致密，生長均勻，遇高溫有時表面出現白色粉末-花粉孢子。不同品種的金針菇生長速度明顯不同。黃色物種和淺黃色物種比白色物種生長更快。在同樣的培養條件下，黃色種和淺黃色原種在壹個瓶子(750 ml)中生長大約需要30天，而白色種大約需要35天。金針菇後期培養基表面分泌褐色水滴，表面容易形成叢生的子實體，通常從表面或菌袋的縫隙中產生。如果菌絲生活力弱，生長稀疏，料面出現叢生或枯萎的子實體和大量琥珀色液滴，基質有抑制線和大量粉狀花粉孢子，菌絲停止向下生長或生長後呈波浪形生長趨勢，則認為性狀差；如果培養基明顯收縮，形成大量子實體，說明已經老化。
(5)草菇
菌絲體呈灰色，粗而整齊，但稀疏蓬松，分布均勻，透明或半透明，有光澤，放大鏡下無淡紅色蟎蟲。它生長均勻，接種幾天後產生紅褐色至銹紅色的厚垣孢子。厚垣孢子起初為灰白色，顏色逐漸加深，直至紅褐色或銹紅色；在稻草、棉籽殼或廢棉的培養基上，壹般在14 ~ 18天灌瓶，灌瓶後3 ~ 5天使用效果最好，但最好不要超過30天。
如果菌絲體呈白色透明，厚垣孢子未產生或產生很少，則為幼株；如果栽培基質菌絲體逐漸減少，大量厚垣孢子充滿稻稭空隙，或菌絲黃白色，厚如菌蓋，上部菌絲萎縮，培養物收縮溢水，則為老化菌株。菌株太嫩或太老而不能用於生產。如果菌絲像蜘蛛絲壹樣稀疏、透明、細長，說明培養基滅菌不徹底，被枯草芽孢桿菌汙染。如果菌絲生長不旺盛，厚垣孢子叢生，則與培養基濕度過大有關；如果瓶中出現子實體，說明已經被姬松茸汙染，因為草菇在瓶中很少形成原基；如果菌絲逐漸消失，瓶壁上有粉末，這是蟎蟲的危害；培養基發黑腐敗是細菌汙染造成的，應該淘汰；如果草菇內有白色絨毛狀菌絲，大約1周後變成魚卵壹樣的黃白色，然後變成褐色，則感染了核盤菌；如果瓶內菌絲收縮，有“回菌”現象或變黃，並出現水樣和臭味，則為老化菌株。在相同的培養條件和時間下，厚垣孢子多的品種子實體小而密，反之則大而稀。
(6)黑木耳
菌絲白色、致密、粗鮮，生長邊緣整齊，上下壹致，旺盛有光澤，上方有時出現淺棕色；菌絲滿瓶後出現淡黃色水滴，光照條件下出現透明的黃褐色黑木耳，黑木耳自下而上出現，表面常出現黑木耳，35 ~ 40天為宜。
如果菌絲生長不均勻，細長無力，出現斑片狀或扇形生長，瓶內菌絲幹枯，瓶壁上沈積黃色液體，甚至出現耳基自溶，說明細菌汙染或老化。菌絲滿瓶前出現原基，說明生理成熟度過大或轉管次數過多。生產上雖然使用了這種品系，雖然有大量的穗，但穗小，難長，產量低，應該淘汰。原基的過早出現也可能是由於培養室漏光，誘發了耳芽的產生。如果菌絲只生長在某個角落，沒有向周圍擴散，壹般是培養基太幹或太濕造成的；如果菌絲停止向下生長，有明顯的抑制線，說明瓶身下部的物質太濕或已被雜菌汙染；待種木菌種菌絲飽滿後，取出種木，剖開。如果裏面沒有菌絲，可能與培養時間短或種子木潮濕有關。
(7)銀耳
無論是原種還是栽培種，都要求銀耳菌絲與銀耳灰菌絲的比例合適。經過壹段時間的培養，會形成白毛或膠狀的耳基，耳塊很快就會散開。瓶內香樟菌絲生長旺盛，初期均勻分布，白色，氣生菌絲延伸至瓶壁，產生黑點。後期在穗基部以下以束狀根的形式分布，表面多黑痕，分布均勻，無其他雜色，是樟樹菌絲生長的良好表現。如果銀耳菌絲體能深入培養基中，深入取食，耳基下有壹層厚厚的銀耳菌絲體，木屑顏色變淺，白毛旺盛，耳基大，生活力強，在代用培養基上不易開片，原種35-40天飽滿，栽培種30-35天飽滿，糊化現象較慢，適合節材栽培。如果菌種表面形成白毛球，會迅速糊化、組織化，原種基出現並迅速張開，適合替代培養；如果白毛很小，容易凝膠成小耳朵，說明該菌株已接近生理成熟，只能用於瓶栽。
在培養原種和栽培種的過程中，如果樟樹菌絲稀疏，不深入瓶內，子實體呈膠團狀或膠刺狀，耳片不展開，說明培養基過濕；如果瓶內很快出現子實體(10 ~ 15天)，或有多而小的白毛，則說明已重植多次，菌齡太老，不適合節木栽培；如果只有香灰菌絲，表面沒有白毛，只能加入銀耳孢子混合後用於培養，否則不能長出耳外；如果發現下半瓶菌絲生長正常，上半瓶菌絲消失，耳基變成淡紅色，產生紅褐色液體，很可能發生了蟎蟲，要註意蟎蟲；如果培養基表面有壹層厚厚的白色棉絮狀菌膜，下面還有銀耳原基，說明該菌株不純，應該淘汰。
(8)刺猬
菌絲白色、濃密、粗大、生長速度快、上下分布均勻、分解纖維能力強。培養溫度低的條件下，表面容易形成子實體原基。因此，猴頭菇原種和栽培種的培養應避免低溫，最好在24 ~ 28℃。
在原種和栽培種的培養過程中，如果菌種瓶中出現拮抗線和濕斑，說明有雜菌；如果菌絲生長稀疏、細長且上下分布不均，則是生命力下降的跡象，也可能已經被細菌汙染；如果培養基收縮，瓶底充滿黃色粘液，則為老化菌株；如果培養基中的木屑變成淡黃色，菌絲生長不旺盛，則與培養基中含氮量不足或培養時間短有關。如果菌絲只長到瓶深1/4，就會出現原基，這與菌株的連續組織分離有關，復壯要用孢子分離。猴頭菇喜歡生長在酸性環境中(壹般在pH 6.0以下)。如果培養基的pH值過高，也會影響其生長。肥肉厚，木耳刺老人是優良菌株。
9.雞腿菇
菌絲濃密、白色、健壯，生長邊緣整齊有力。25℃恒溫培養，原種30天左右滿瓶(750 ml)，栽培種25天左右滿瓶。
(10)靈芝
優良品種菌絲粗而白，短而整齊，生長均勻，束狀菌絲明顯。表面容易形成堅韌的菌蓋，剛開始是白色的，後來逐漸變黃，滿菌後培養基變弱，後期容易形成原基。如果菌絲前期長得快，後期長得慢，可能與營養不良或裝瓶過緊有關。如果菌種瓶上部生長均勻，下部生長微弱，說明培養基含水量大。如果菌柱周圍的菌絲發育正常，裏面生長的菌絲很少，而且是黑腐，就是劣質菌株，應該淘汰。在棉籽殼培養基上27 ~ 29℃培養，原種25天左右滿瓶，栽培種18 ~ 20天滿瓶。
(11)竹蓀
菌絲白色，遇光變淡粉色，傷後變紫藍色，致密，短而細長，生長緩慢，均勻整齊，呈束狀。氣生菌絲密集，部分品種後期有色素。如果長裙竹蓀多為粉紅色，間有紫色，短裙竹蓀為紫色，有蘑菇香味，則為優良菌株。如果菌絲變黃或消失，自溶產生黃水，則為老化菌株。在飼料培養基上通常需要60天左右才能裝滿瓶子。
(12)平菇
優良菌株菌絲濃密、白色、棉絮狀、均勻有彈性，培養基變為淡黃色或白色，均勻壹致。在靠近培養基的瓶壁上，常有黃褐色或紅褐色顆粒交織的網狀菌絲束。原種在滿瓶(750 ml)中生長壹般需要35到40天。
如果菌絲體呈白色，但不蓬松、無彈性，用手碾成小塊或粉末，培養基呈黃褐色或黑褐色，則為超齡菌株，應繼續培養。如果瓶底有黃白色或棕色液體，則為老化菌種，不宜使用。
(13)阿魏菇
菌絲粗、白、厚，上下均勻，生長整齊，形似平菇。生長緩慢，25℃恒溫培養，45 ~ 50天原種就會飽滿。
(14)真姬菇
菌絲粗而白，生長均勻整齊，形似平菇。原種23℃恒溫培養，35 ~ 40天瓶子就滿了。
(15)灰樹花
菌絲體不致密，呈白色或灰色，生長不均勻，容易在表面形成薄皮。菌皮菌絲體疏松，無韌性。